ההיסטוריה של המוזיאון מתחילה בסתיו 1997, כאשר משרד הסחורות התרבותיות אז קיבל ממשרד ההגנה את סילוק שטח גדול במחוז פלמיניו של רומא, אשר נכבש על ידי בתי המלאכה והאולמות של צריפי מונטלו, שננטלו, עם הזמן, במטרה ליצור מוזיאון חדש לאמנויות העכשוויות לעיצוב בשנת 1998, הכריזו על שני שלבים בינלאומיים. תשומת הלב של התחרות חזתה קומפלקס פונקציונלי, עם נוכחות של פולנים שונים במוזיאונים: מוזיאון לארכיטקטורה ואחד לאמנויות של המאה ה-XXI, מרחב להפקות ניסיוניות, הספרייה, האודיטוריום, מרחבים לאירועים חיים ולבסוף, חללים חינוכיים. נבחר מ-273 כניסות מכל העולם, הפרויקט של האדריכל האנגלו-עיראקי זאהה-האד ניצח הצעתו של זא-האדיד משכנעת את חבר המושבעים על יכולתו להשתלב לתוך המרקם העירוני ועבור הפתרון האדריכלי החדשני, מסוגל לפרש את הפוטנציאל של המוסד החדש ולצייד אותו עם רצף יוצא דופן של מרחבים ציבוריים. ב-1999, משרד המורשת התרבותית והפעילויות החל את עבודת השיקום הראשונה של כמה מבנייני הבסיס הקודם מונטלו שתכננת לתחזק בפרויקט זאהה האדיד, כדי ליצור אזור תערוכה זמני, ובכך לחוות את התכנות התרבותי של המוסד העתידי במהלך ארבע השנים הנחוצים למימוש המלא שלו. ב-20 במרץ 2003, עם טקס הנחת אבן היסוד, הייתה תחילתה הרשמית של עבודות הבנייה. לשם המאורע המוסד הלאומי לוקח את שמו הנוכחי והמוחלט: MAXXXI Museo nazionale delle arti del xxi secolo.
