Muziejaus istorija prasideda 1997 m. rudenį, kai tuometinė Kultūros vertybių ministerija, gavusi iš Gynybos ministerijos didelę teritoriją Flaminio rajone Romoje, kurią užėmė buvusių kareivinių Montello dirbtuvės ir salės, atsisakė laiko, siekdama sukurti naują Nacionalinio muziejaus stulpą, skirtą šiuolaikiniam menui dizainui 1998 m., paskelbė tarptautinį idėjų konkursą dviem etapais. Pranešime apie konkursą buvo numatytas funkcinis kompleksas, kuriame muziejuose yra įvairių polių: architektūros muziejus ir vienas XXI amžiaus menui, eksperimentinių kūrinių erdvė, biblioteka, auditorija, gyvų renginių erdvės ir, galiausiai, švietimo erdvės. Pasirinktas iš 273 įrašų iš viso pasaulio, laimi anglo-Irako architekto Zaha Hadid projektas Zaha Hadid pasiūlymas įtikina žiuri už jos gebėjimą integruotis į miesto audinį ir novatorišką architektūrinį sprendimą, sugebantį interpretuoti naujos institucijos potencialą ir aprūpinti ją nepaprasta viešųjų erdvių seka. 1999 m. kultūros paveldo ir veiklos ministerija pradėjo pirmuosius kai kurių buvusių kareivinių Montello pastatų restauravimo darbus, kuriuos planavote atlikti Zaha Hadid projekte, kad būtų sukurta laikina parodų zona, taigi per ketverius metus patirsite būsimos institucijos kultūrinį programavimą, reikalingą jos visiškam realizavimui. 2003 m. kovo 20 d., su "pamatų akmens klojimo" ceremonija, oficiali statybos darbų pradžia. Proga besiformuojanti institucija priima savo dabartinį ir galutinį pavadinimą: MAXXI Museo nazionale delle arti del XXI secolo.
