Wewnątrz katedry znajduje się wyjątkowy zegar astronomiczny zbudowany w XIX wieku.Zegar astronomiczny w Besançon znajduje się w katedrze starej francuskiej stolicy zegarmistrzostwa w Besançon. Został wykonany przez zegarmistrza Auguste-Luciena Vérité z Beauvais w 1860 roku, aby zastąpić wcześniejszy model Bernardina w 1850 roku.
Różni się od zegarów astronomicznych w Beauvais, Lyonie i Strasburgu.
Zegar wyraża koncepcję teologiczną, która głosi, że każda sekunda dnia jest reprezentantem Zmartwychwstania Chrystusa, które przemieniło istnienie ludzkości i świata.Pierwszy zegar astronomiczny zainstalowany w Besançon został wykonany przez zegarmistrza Bernardina. Zegar ten przestał działać w 1857 roku, a Arcybiskup Besançon, kardynał Mathieu, zlecił zastąpienie go Vérité, który skrupulatnie pracował nad zbudowaniem jednego z jego najlepszych dzieł w swoim warsztacie w Beauvais.Zegar Besançon został zainstalowany w 1860 roku, ale Vérité kontynuował prace nad nim do 1863 roku.Zegar ma 30 000 części mechanicznych i mierzy 2,5 metra szerokości i 5,8 metra wysokości. Znajduje się we własnych komnatach w wieży zegarowej. Dzięki układowi przegubów uniwersalnych rozciągających się na ponad 100 Metrów, Zegar obsługuje cztery tarcze, które znajdują się po czterech stronach wieży katedry, zapewniając w ten sposób cztery pozycje na porę dnia dla mieszkańców miasta.W katedrze znajduje się piąta tarcza na porę dnia. Tarcze zewnętrzne pokazują również miesiąc roku, Dzień tygodnia i sezon. Godziny dnia naznaczone są dźwiękiem dzwonu w wieży zegarowej.
