Známý pro jeho úsilí o zachování, San Diego Zoo udržuje několik ohrožených druhů exponátů a podporuje zachování skupin po celém světě na podporu ochrany ohrožených volně žijících živočichů. Obrovská rezerva má rušivé scénické chodníky a vyprávěné autobusové zájezdy. "Monkey Trails" v srdci zoo zahrnuje asijské a africké lesy s více než 30 druhy exotických ptáků, savců, plazů a obojživelníků. Na 'Tiger River', misty stezky větru uprostřed vodopády v tropickém lese více než 5000 druhů exotických rostlin a tygři, Barmské krajty a Malajské tapír. Nejoblíbenějším exponátem je výzkumná stanice Pacific Bell Giant Panda, kde se narodilo několik ohrožených pand. Pandy jsou velkým hitem a v ohradě se často tvoří dlouhé linie. Zoo hostí několik "Po setmění "události, včetně živých hudebních vystoupení a zblízka zvířat setkání.
