Το ARQUA είναι ένα απαραίτητο σημείο αναφοράς για την ανακάλυψη της ισπανικής υποβρύχιας κληρονομιάς σε δύο μεγάλες περιοχές. Ο πρώτος, "Υποβρύχια πολιτιστική κληρονομιά", ο οποίος επικεντρώνεται στην επεξήγηση της μεθοδολογίας που χρησιμοποιείται στις υποβρύχιες ανασκαφές. Τα δύο κτίρια για μια εντυπωσιακή σύγχρονη δομή, που συνδέεται κάτω από το επίπεδο του εδάφους και έχει σχεδιαστεί για να δημιουργεί ένα υποβρύχιο αποτέλεσμα. Στο εσωτερικό του, αυτός ο αξιοσημείωτος χώρος περιλαμβάνει εκθέματα που εξηγούν τη συναρπαστική διαδικασία της ίδιας της υποβρύχιας αρχαιολογίας, καθώς και μια εκλεκτική συλλογή αντικειμένων που σχετίζονται με ιστορικά πλοία που χρησιμοποιήθηκαν στο αρχαίο θαλάσσιο εμπόριο της Μεσογείου. Ενδιαφέρον παρουσιάζει το αντίγραφο ενός από τα φοινικικά πλοία (7ος αιώνας μ.Χ.), που βρέθηκε στη Mazarrón. Η άλλη περιοχή, γνωστή ως "Mare Hibericum", προσκαλεί τους επισκέπτες να ανακαλύψουν την Ιβηρική Χερσόνησο μέσα από τη δυναμική εμπορική ιστορία της Μεσογείου, από την αρχαιότητα έως τον 19ο αιώνα. Υπάρχουν επίσης χαυλιόδοντες ελέφαντα από την εποχή των Φοινίκων, που ανακαλύφθηκαν στην περιοχή Bajo de la Campana. Πρόκειται για το πρώτο μουσείο υποβρύχιας αρχαιολογίας στην Ισπανία. Μερικά από τα καλύτερα χαρακτηριστικά του είναι οι ανακατασκευασμένες διατομές πλοίων που δείχνουν πώς κατασκευάζονταν τα σκάφη και πώς στοιβάζονταν τα φορτία. Υπάρχουν μερικά πολύ λεπτομερή διοράματα μινιατούρων που δείχνουν σκηνές λιμενικής δραστηριότητας και μοντέλα πλοίων από διάφορες εποχές.
Η τελευταία έκθεση αφορά την ισπανική φρεγάτα Nuestra Senora de las Mercedes, η οποία βυθίστηκε στα ανοικτά της Πορτογαλίας το 1804. Το ναυάγιο προκάλεσε μια σημαντική νομική υπόθεση μεταξύ της ισπανικής κυβέρνησης και της εταιρείας κυνηγιού θησαυρών Odyssy Marine Exploration, η οποία είχε ως αποτέλεσμα την επιστροφή στην Ισπανία λεηλατημένων αντικειμένων αξίας περίπου 500 εκατομμυρίων δολαρίων, συμπεριλαμβανομένου ενός πλούτου παραδοσιακών ισπανικών νομισμάτων που εκτίθενται στο μουσείο.