Η εκκλησία είναι το αποτέλεσμα της προσάρτησης διαφόρων αρχιτεκτονικών κατασκευών: η διπλή σκάλα στην πρόσοψη κρύβει την είσοδο στην υποκείμενη εκκλησία της Παρηγοριάς στην Καρμπονάρα- η κεντρική πύλη οδηγεί στο παρεκκλήσι της Αγίας Μόνικας, η αριστερή στην πλαϊνή είσοδο της εκκλησίας του Αγίου Ιωάννη.Πρόκειται για μια από τις πλουσιότερες εκκλησίες της πόλης.Η πανέμορφη εκκλησία χτίστηκε χάρη σε έναν ευγενή, τον Gualtiero Galeota, ο οποίος μεταξύ των ετών 1339 και 1343 δώρισε τη γη έξω από τα τείχη της πόλης που ονομάζεται "ad carbonetum" στους Αυγουστίνους πατέρες, επιτρέποντάς τους να ιδρύσουν το μοναστήρι και την εκκλησία (η Via Carbonara εξακολουθεί να ονομάζεται έτσι επειδή κατά τον Μεσαίωνα ήταν χώρος συλλογής σκουπιδιών έξω από τα τείχη της πόλης).Με την άφιξη στη Νάπολη του βασιλιά Λαδίσλαου του Ντουράτσο, άρχισε η πλήρης ανοικοδόμηση της εκκλησίας, η οποία πήρε ουσιαστικά τη σημερινή της μορφή, εκτός από ορισμένες τροποποιήσεις και προσθήκες κατά τους επόμενους αιώνες. Η σημαντική είσοδος δίνει μια ιδέα για τη σημασία της εκκλησίας: η πρόσβαση σε αυτήν γίνεται μέσω μιας μνημειώδους σκάλας που κατασκευάστηκε τον 18ο αιώνα από τον Ferdinando Sanfelice, ο οποίος δημιούργησε μια διπλή σκάλα για να λύσει το πρόβλημα των υψομετρικών διαφορών μεταξύ του δρόμου και των διαφόρων εισόδων των κτιρίων που αποτελούν την πολύπλοκη αρχιτεκτονική δομή.Ολόκληρο το συγκρότημα περιλαμβάνει άλλα δύο κτίρια λατρείας, τα οποία είναι η εκκλησία της Σάντα Μόνικα και η εκκλησία της Παρηγοριάς στην Καρμπονέρα- υπάρχει επίσης μια άλλη εκκλησία σε κοντινή απόσταση, η εκκλησία της Pietatella στην Καρμπονέρα. Στο εσωτερικό της μνημειώδους εκκλησίας του San Giovanni a Carbonara, χτισμένης σε ορθογώνια κάτοψη, βρίσκεται το μαυσωλείο του βασιλιά Ladislaus, που χτίστηκε μεταξύ 1414 και 1428 και είναι πλούσια διακοσμημένο με αλληγορικές μορφές.Πίσω από το μνημείο βρίσκεται το παρεκκλήσι Caracciolo del Sole, με το μνημείο του Sergianni Caracciolo, του μεγάλου siniscalco και εραστή της βασίλισσας Giovanna. Άλλα παρεκκλήσια, όπως αυτά των οικογενειών Miroballo, Somma και Caracciolo di Vico, είναι πλούσια σε αγάλματα και σημαντικά επιτύμβια μνημεία. Στους τοίχους υπάρχουν τοιχογραφίες από τη σχολή του Τζιόττο που απεικονίζουν σκηνές της μοναστικής ζωής και τη γέννηση της Παναγίας. Στα δεξιά του πρεσβυτερίου βρίσκεται το παρεκκλήσι Caracciolo di Vico, το σκευοφυλάκιο, ο βωμός της Madonna delle Grazie και το ταφικό μνημείο του Miroballo.Η εκκλησία περιλάμβανε επίσης δεκαέξι έργα του Giorgio Vasari, που δημιουργήθηκαν για το σκευοφυλάκιο της εκκλησίας. Οι πίνακες ζωγραφικής παραγγέλθηκαν το 1545 από το Τάγμα των Αυγουστινιανών και υλοποιήθηκαν από τον Vasari το 1546, σε συνεργασία με τον Cristofano Gherardi, έναν από τους πιο ταλαντούχους συνεργάτες του. Πρόκειται για 16 πίνακες σε πάνελ, που κοσμούσαν τις πόρτες των ντουλαπιών του σκευοφυλακίου και απεικόνιζαν Ιστορίες από την Παλαιά Διαθήκη και επεισόδια από τη ζωή του Ιωάννη του Βαπτιστή. Τα πανέμορφα έργα υπέστησαν αυστηρή αποκατάσταση και εκτέθηκαν επίσης στο Capodimonte.
