Το σημαντικότερο τμήμα της Μονής και της Εκκλησίας των Καπουτσίνων είναι η κρύπτη που βρίσκεται από κάτω, η οποία έχει κάνει διάσημη την πόλη της Savoca. Χτίστηκε κάτω από την εκκλησία και τη μικρή πλατεία στις αρχές του 17ου αιώνα. Στο εσωτερικό υπάρχουν 37 μούμιες. Η πρώτη χρονολογείται από το 1776, αυτή του ευγενή Pietro Salvadore, και η τελευταία από το 1876, αυτή του Giuseppe Trischitta. Όπως και στο μοναστήρι των Καπουτσίνων στο Παλέρμο, οι μούμιες ανήκουν στην αριστοκρατία της Σαβόκα, όπως ευγενείς πατρίκιοι, δικηγόροι, ιερείς, μοναχοί, ηγούμενοι, γιατροί, ποιητές, δικαστές και τρία παιδιά. Καθώς οι μούμιες, στο τέλος της διαδικασίας ταρίχευσης, ντύνονται με κομψές ρόμπες, στις κόγχες και τα φέρετρα που τις περιέχουν, εμφανίζεται, σχεδόν σαν φωτογραφία, μια μικρή πόλη του παρελθόντος: η Σαβόκα του παρελθόντος. Από τις 37 μούμιες, οι 17 εκτίθενται κατά μήκος ενός τοίχου της κρύπτης, μέσα σε κόγχες, ενώ οι υπόλοιπες φυλάσσονται σε τεφροδόχους και φέρετρα, επίσης στο υπόγειο. Υπάρχει επίσης ένας βωμός, πιθανότατα για την τέλεση λειτουργιών για το δικαίωμα ψήφου. Χρειάζονταν περίπου εξήντα ημέρες για να "παραχθεί" μια μούμια και η διαδικασία μουμιοποίησης ήταν παρόμοια σχεδόν σε όλη τη Σικελία. Ήταν μια μέθοδος γνωστή ως φυσική ξήρανση. Το πτώμα υποβλήθηκε αρχικά σε διήμερο λουτρό σε διάλυμα αλατιού και ξιδιού. Αφού περίμεναν να στραγγίξουν τα σπλάχνα, τα μετέφεραν στην κρύπτη, όπου γινόταν "φυσική" ξήρανση χάρη στα ρεύματα αέρα του περιβάλλοντος. Μόλις αποκτήθηκε η μούμια, την έντυσαν με τα ρούχα της και την εξέθεσαν πανηγυρικά μέσα στην κρύπτη.
Το ότι η μουμιοποίηση είχε γίνει κάτι σαν μόδα στη Σικελία του 19ου αιώνα αποδεικνύεται από την παρουσία στην ίδια τη Σαβόκα (και στην υπόλοιπη Σικελία, όπως θα δούμε) άλλων κρύπτων και άλλων μουμιών, όπως στη Μητέρα Εκκλησία της Santa Maria in Cielo Assunta, που χτίστηκε το 1130 και σήμερα αποτελεί ιταλικό εθνικό μνημείο, στο εσωτερικό της οποίας φυλάσσονται άλλα πτώματα επωνύμων της πόλης. Το 1998, κατά τη διάρκεια των εργασιών αποκατάστασης του ναού της Ευαγγελίστριας Σύλληψης, ο οποίος είχε περιέλθει σε κακή κατάσταση (για να χρησιμοποιηθεί ως δημοτική φιλαρμονική), ανακαλύφθηκε κάτω από το δάπεδο του ναού η αρχαία κρύπτη, όπου είχαν ταφεί οι μοναχοί του μοναστηριού των Μικρών Φραγκισκανών Μοναχών και οι ίδιοι οι κάτοικοι της συνοικίας San Rocco.