Το ύψωμα στο οποίο βρίσκεται ο καθεδρικός ναός του Σανταντέρ αποτελεί τα τελευταία απομεινάρια του αρχαίου λόφου Somorrostro, που επιλέχθηκε από τους Ρωμαίους για την αρχική τροφοδοσία της σημερινής πόλης. Οι εξαιρετικές στρατηγικές του συνθήκες, καθώς ήταν τότε ένα ακρωτήριο που περιβαλλόταν σχεδόν πλήρως από τη θάλασσα, από το οποίο κυριαρχούσε ολόκληρος ο κόλπος, καθόρισαν τη συνέχεια της ανθρώπινης παρουσίας σε αυτόν τον θύλακα καθ' όλη τη διάρκεια των μεσαιωνικών αιώνων. Η παραχώρηση δικαιοδοσίας στο Σανταντέρ το 1187, υπό την κηδεμονία του ηγουμένου της εκκλησίας του, έδωσε το κίνητρο για μια σημαντική οικονομική ανάπτυξη που επέτρεψε την κατασκευή του σημερινού κτιρίου του καθεδρικού ναού, καθώς και του κάστρου της πόλης στη δυτική πλευρά του, την εδραίωση αυτού που αργότερα ονομάστηκε Puebla Vieja και την κατασκευή νέων τειχών για την υπεράσπιση ολόκληρου του πληθυσμού και του ενεργού λιμανιού του.
