Στις αρχές του 1800, μια αποθήκη αλατιού κατέλαβε τη γη που αργότερα θα κρατούσε το Προεδρικό Μέγαρο. Ένας από τους πιο επιτυχημένους εμπόρους του Ελσίνκι, Johan Henrik Heidenstrauch, αγόρασε την παρτίδα και έχτισε το σπίτι του εκεί. Το Heidenstrauch House, σχεδιασμένο από τον Pehr Granstedt, επέστησε την προσοχή για να είναι πολύ μεγαλύτερο από τα τυπικά εμπορικά σπίτια της εποχής. Αξιωματούχοι παρατήρησαν και το σπίτι αγοράστηκε για τον Γενικό Κυβερνήτη της Φινλανδίας το 1837.
Ο Τσάρος Νικόλαος Α είδε επίσης τις δυνατότητες του σπιτιού και ζήτησε το κτίριο να γίνει η επίσημη κατοικία του στο Ελσίνκι. Το παλάτι ανακαινίστηκε μεταξύ 1843 και 1845. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου προστέθηκε μια νέα πτέρυγα, που περιείχε ένα παρεκκλήσι, αίθουσα δεξιώσεων, κουζίνα και αίθουσα χορού. Η αυτοκρατορική οικογένεια δεν χρησιμοποίησε το σπίτι μέχρι το 1854, όταν ο Μεγάλος Δούκας Κωνσταντίνος επισκέφθηκε για ένα μήνα. Την τελευταία φορά που η αυτοκρατορική οικογένεια χρησιμοποίησε το κτίριο ήταν μια μονοήμερη επίσκεψη του Νικολάου Β ' το 1915.
Κατά τη διάρκεια του Α ' Παγκοσμίου Πολέμου, Το Παλάτι χρησιμοποιήθηκε ως στρατιωτικό νοσοκομείο. Όταν ο Τσάρος/Μεγάλος Δούκας της Φινλανδίας παραιτήθηκε το 1917, το παλάτι έγινε ιδιοκτησία της Γερουσίας. Μετονόμασαν το κτίριο και το χρησιμοποίησαν ως έδρα μέχρι το τέλος του Φινλανδικού Εμφυλίου Πολέμου. Το πρώην Αυτοκρατορικό Παλάτι χρησιμοποιήθηκε στη συνέχεια από τους Γερμανούς και το λευκό Φινλανδικό στρατιωτικό προσωπικό, ως πιθανή κατοικία του Πρίγκιπα Φρέντερικ και ως Υπουργείο Εξωτερικών.
Όταν η Φινλανδία υιοθέτησε ένα νέο Σύνταγμα το 1919, το κτίριο επιλέχθηκε για να γίνει η επίσημη κατοικία του Προέδρου. Το πρώην Αυτοκρατορικό Παλάτι επισκευάστηκε και η αρχική του επίπλωση επέστρεψε. Το Προεδρικό Μέγαρο φιλοξένησε όλους τους προέδρους της Φινλανδίας εκτός από τρεις μέχρι το 1993. Σήμερα, ο Πρόεδρος ζει στο Mäntyniemi, μια παραθαλάσσια κατοικία στο δυτικό Ελσίνκι.
