Η λίμνη Winnipeg (μαζί με τη λίμνη Manitoba) είναι απομεινάρια της προϊστορικής λίμνης Agassiz από την τελευταία εποχή των παγετώνων. Αυτή η λίμνη ήταν τόσο τεράστια που άλλαξε το κλίμα του κόσμου και ήταν μεγαλύτερη από τις πέντε Μεγάλες Λίμνες μαζί. Εξαφανίστηκε πριν από περίπου 4.000 χρόνια.
Η λίμνη Winnipeg είναι μεγάλη, αλλά είναι επίσης σχετικά ρηχή. Είναι η έκτη μεγαλύτερη λίμνη γλυκού νερού του Καναδά και η τρίτη μεγαλύτερη που βρίσκεται πλήρως στον Καναδά. Είναι το σπίτι σε πολλά νησιά από τα οποία τα περισσότερα παραμένουν ανεκμετάλλευτα.
