Ένας τόπος βαθιάς ιερότητας, η κρύπτη επιλέχθηκε από τον Άγιο Charles Borromeo ως προσωπικό τόπο προσευχής, όπου πήγε κάθε Τετάρτη και Παρασκευή το απόγευμα. Δεν ήταν ασυνήθιστο να τον βλέπεις να περνάει ολόκληρες νύχτες σε αυτό που ο ίδιος αποκαλούσε "το γυμναστήριο του Αγίου Πνεύματος", σε λατρεία του ομώνυμου τάφου του Χριστού. Για το λόγο αυτό, μετά τον κανόνα του, τοποθετήθηκε ένα πολυχρωματικό άγαλμα από τερακότα που απεικονίζει τον Άγιο που γονατίζει μπροστά από τη σαρκοφάγο.
Η κρύπτη επιτρέπει επίσης στους επισκέπτες να έρθουν σε επαφή με μία από τις παλαιότερες μαρτυρίες στην ιστορία της πόλης. Η πλακόστρωση, που αποτελείται από μεγάλες πλάκες λευκής πέτρας "της Βερόνας", προέρχεται στην πραγματικότητα από την πλακόστρωση της αρχαίας Ρωμαϊκής Αγοράς του τέταρτου αιώνα, την κεντρική πλατεία των ρωμαϊκών civitas, όπου έλαβαν χώρα οι μεγάλες αστικές και θρησκευτικές δραστηριότητες.
Άνοιξε εκ νέου στο κοινό μετά από πενήντα χρόνια το 2016, στη συνέχεια η κρύπτη αποτέλεσε αντικείμενο σύνθετης επιχείρησης αποκατάστασης που χρηματοδοτήθηκε από το MIBAC και ολοκληρώθηκε στα τέλη της άνοιξης του 2019, με στόχο κυρίως την ανάκτηση των διακοσμημένων επιφανειών. Χάρη στην αποκατάσταση, στην πραγματικότητα, έχουν επανεμφανιστεί υπέροχες τοιχογραφίες και διακοσμήσεις, όπως ο διακοσμητικός κύκλος με αστέρια και φυτικά στοιχεία στους θόλους του πρεσβυτέριου, που χρονολογούνται στα τέλη του δέκατου τρίτου αιώνα. Έχουν αποκατασταθεί, επίσης, οι δύο όμορφες και έντονες σταύρωση, μία κλίμακα, πάρτε μακριά, το άλλο δέκατο τέταρτο αιώνα, στο πρεσβυτέριο), τρεις μόνιμοι αριθμοί της μαρίας της Μαγδαληνής, του Ιωάννη του Βαπτιστή και st. Ελένη, η μητέρα του Κωνσταντίνου (ή ίσως santa Caterina δ'alessandria), Το δείπνο σε Σάιμον Σπίτι του στην αριστερή πτέρυγα του πρεσβυτερίου, οι τοιχογραφίες της παναγίας του Loreto και Την Παναγία και τους Αγίους Ρόκο και ο Ιωάννης ο Βαπτιστής στο λόμπι και το στόκο και διακοσμήσεις του δέκατου έβδομου αιώνα της αψίδας, απεικονίζεται με τα όργανα του πάθους.