Το όνομα του Μουσείου Allard Pierson προέρχεται από τον πρώτο καθηγητή κλασικής αρχαιολογίας στο Πανεπιστήμιο του Άμστερνταμ, Allard Pierson (1831-1896). Αυτός ο πρώην κληρικός προσκλήθηκε το 1877 να καταλάβει την έδρα της Αισθητικής, της ιστορίας της τέχνης και των Σύγχρονων Γλωσσών στο νεοσύστατο Πανεπιστήμιο. Το πάθος του για την αρχαιότητα, που τροφοδοτήθηκε από τα ταξίδια του στην περιοχή της Μεσογείου, οδήγησε στη συναρμολόγηση μιας συλλογής γύψινων εκμαγείων από το 1877 έως το 1895.
Ο δεύτερος καθηγητής αρχαιολογίας στο Πανεπιστήμιο του Άμστερνταμ, Jan Six, είχε μια μεγάλη προσωπική συλλογή βιβλίων και αντικειμένων αντίκες. Στο θάνατό του το 1926, το Πανεπιστήμιο είχε ενδιαφέρον να αποκτήσει τη συλλογή του. Το 1932, ο γιος του Pierson Jan Lodewijk ίδρυσε το Ίδρυμα Allard Pierson για να διαθέσει τη συλλογή αρχαιοτήτων για έρευνα και διδασκαλία. Η συλλογή μεταφέρθηκε σε ένα κτίριο στο Weesperzijde στο Άμστερνταμ, με τον τελευταίο όροφο να λειτουργεί ως μουσείο.
Η συλλογή αυξήθηκε λόγω αγορών, δώρων και Δανείων αντικειμένων και εγγράφων. Στις 12 Νοεμβρίου 1934, το Μουσείο Allard Pierson άνοιξε επίσημα σε ένα κτίριο στο Sarphatistraat 129-131 (γωνία του Roeterstraat). Το Μουσείο τελικά ξεπέρασε το κτίριο του. Ένα νέο κτίριο έγινε διαθέσιμο όταν η Nederlandse Bank εγκατέλειψε το γραφείο τους στο Oude Turfmarkt το 1976. H.R. H. Η πριγκίπισσα Beatrix παρακολούθησε τα εγκαίνια του Μουσείου στις 6 Οκτωβρίου 1976.
Το μουσείο διαθέτει συλλογές που σχετίζονται με τους αρχαίους πολιτισμούς της Αιγύπτου, της Εγγύς Ανατολής, του ελληνικού κόσμου, της Ετρουρίας και της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας. Οι συλλογές περιλαμβάνουν αντικείμενα τέχνης και σκεύη που χρονολογούνται από το 4000 π.χ. έως το 500 μ. χ. Υπάρχουν επίσης μοντέλα κλίμακας αρχαίων ναών και κτιρίων. Στην έκθεση της αρχαίας Αιγύπτου υπάρχει ένα δωμάτιο αφιερωμένο στον θάνατο, με μούμιες, σαρκοφάγους και μια ταινία που δείχνει τη διαδικασία της μουμιοποίησης. Η γύψινη σοφίτα, για επίσκεψη μόνο με ξενάγηση, δείχνει αντίγραφα Ρωμαϊκών και ελληνικών αγαλμάτων. Η ελληνική συλλογή κεραμικής του μουσείου περιλαμβάνει παραδείγματα μελανόμορφης και ερυθρόμορφης κεραμικής που παρήχθησαν τον πέμπτο και έκτο αιώνα π.χ .. Μια συλλογή Ρωμαϊκών σαρκοφάγων εκτίθεται επίσης, συμπεριλαμβανομένου ενός σπάνιου ξύλινου φέρετρου από περίπου το 150 μ.Χ. που είναι σκαλισμένο εν μέρει στο σχήμα του ανθρώπου μέσα σε αυτό.
