Η προέλευση της Μονής Kostomarovsky Spassky δεν είναι γνωστή με βεβαιότητα, αλλά πιστεύεται ότι ιδρύθηκε ως μοναστήρι τον 17ο αιώνα από μοναχούς από την Ουκρανία που εγκαταστάθηκαν εδώ μαζί με Κοζάκους. Είναι πιθανό όμως το μοναστήρι να είναι στην πραγματικότητα πολύ παλαιότερο και υπάρχει ακόμη και η θεωρία ότι χρονολογείται από την εποχή που εισήχθη για πρώτη φορά ο χριστιανισμός στη Ρωσία.
Η πρώτη πραγματική γραπτή μαρτυρία για το μοναστήρι χρονολογείται στα τέλη του 18ου αιώνα, όταν αναφέρεται ως σκήτη της Μονής Belogorsky Voskresensky. Μετά την Επανάσταση το μοναστήρι έκλεισε, αν και κάποιοι μοναχοί παρέμειναν κρυφά εδώ. Ένας τέτοιος μοναχός ήταν ο γέροντας Πιοτρ, ο οποίος όταν ανακαλύφθηκε στα τέλη της δεκαετίας του 1930 φυλακίστηκε και λέγεται ότι αργότερα πέθανε στη φυλακή. Κατά τη διάρκεια του Β' Παγκοσμίου Πολέμου το πρώην μοναστήρι βρισκόταν σε κατεχόμενο έδαφος και λέγεται ότι κάποιοι ντόπιοι κρύφτηκαν στις σπηλιές. Για λίγο μετά τον πόλεμο επετράπη η επαναλειτουργία του Καθεδρικού Ναού του Σωτήρος, αλλά το 1959 έκλεισε και πάλι στο πλαίσιο της αντιθρησκευτικής πολιτικής του Χρουστσόφ. Το 1997 η περιοχή επιστράφηκε στην Ορθόδοξη Εκκλησία και άνοιξε ξανά, αλλά ως μοναστήρι και όχι ως μοναστήρι.
