Με την κατάκτηση της Αθήνας από τους Οθωμανούς, το τοπίο της πόλης άλλαξε σημαντικά. Το διάταγμα του Σουλτάνου επέτρεψε στην Αθήνα να γίνει μια πολυεθνική πόλη, με την οδηγία να προστατευθούν και να επαναχρησιμοποιηθούν οι περισσότεροι ναοί και μνημεία για δημόσια χρήση κατά τη διάρκεια της κατοχής του καθεστώτος.Το 1759, ο Μουσταφά Αγά Τζισταράκης, ο Οθωμανός διοικητής της Αθήνας, διέταξε την κατασκευή τζαμιού στην πλατεία Μοναστηρακίου. Ωστόσο, σε μια κίνηση που ερχόταν σε αντίθεση με το διάταγμα του σουλτάνου, ο Τζισταράκης επέβλεψε την καταστροφή ενός από τους πυλώνες ενός αρχαίου ελληνικού ναού, που πιστεύεται ότι ήταν είτε ο ναός του Ολυμπίου Διός είτε η Βιβλιοθήκη του Αδριανού, για να αποκτήσει ασβέστη για την κατασκευή του τζαμιού.Η πράξη αυτή οδήγησε σε τοπικές δεισιδαιμονίες, καθώς πίστευαν ότι η καταστροφή ναών θα έφερνε επιδημίες. Κατά συνέπεια, οι εξαγριωμένοι ντόπιοι πίεσαν τον σουλτάνο να εξορίσει τον Τζισταράκη από την Αθήνα ως μια μορφή κατευνασμού. Παρ' όλα αυτά, η εξορία αυτή δεν ήταν αρκετή, καθώς ο Τζισταράκης δολοφονήθηκε αργότερα.Το Τζαμί Τζισταράκη, ένα τετράγωνο διώροφο κτίριο με ημισφαιρικό τρούλο σε οκταγωνική βάση, λειτούργησε ως τζαμί μέχρι τον Ελληνικό Πόλεμο της Ανεξαρτησίας. Μετά την απόκτηση της ανεξαρτησίας από τους Οθωμανούς, η ελληνική κυβέρνηση επαναχρησιμοποίησε το κτίριο για διάφορες χρήσεις, όπως αίθουσα συνεδριάσεων για τους γέροντες, φυλακή, στρατώνας, αποθήκη και χώρος για στρατιωτικές συναυλίες και εκδηλώσεις. Ο μιναρές, που κοσμούσε το κτίριο, καταστράφηκε κάποια στιγμή μεταξύ 1839 και 1843.Το 1915, το κτίριο ανακαινίστηκε και άνοιξε ξανά το 1918 ως Μουσείο Ελληνικής Χειροτεχνίας. Πρόσθετα γραφεία προστέθηκαν στο ισόγειο το 1920 και το Μουσείο μετονομάστηκε σε Μουσείο Διακοσμητικών Τεχνών το 1923. Το 1966, το κτίριο ανακαινίστηκε προσωρινά για να χρησιμεύσει ως χώρος προσευχής για τον βασιλιά Σαούντ της Σαουδικής Αραβίας κατά την επίσκεψή του στην Αθήνα. Από το 1975 λειτουργεί επίσης ως παράρτημα του Μουσείου Ελληνικής Λαϊκής Τέχνης. Μετά το σεισμό του 1981, το κτίριο ανακαινίστηκε και άνοιξε ξανά για το κοινό το 1991, διαθέτοντας επιπλέον εκθεσιακό χώρο για τους μουσειακούς σκοπούς του. Αυτή η περίπλοκη ιστορία αναδεικνύει πώς το Τζαμί Τζισταράκη αποτέλεσε διαχρονικό μέρος της κληρονομιάς της Αθήνας, εξελισσόμενο ώστε να εξυπηρετεί διάφορους ρόλους στο πέρασμα των αιώνων.
