З моменту відкриття в 2001 році кардинал Карло Марія Мартіні, в якому він був тоді під назвою в 2017 році, Музей є точкою прибуття важливого проекту, в якому дав свій вирішальний внесок в деякі з найбільших фігурки архієпископів міланських хх століття. Його походження сходить до першого розуміння Блаженного Ільдефонсо Шустера 1931 року, а потім відновлено кардиналом Монтіні в 1960 році, який вказує в якості місця нового музею монастирі Святого Євсторгія, одного з ключових місць для історії християнства Амброзіана. Буде, нарешті, Кардинала Мартіні, у вісімдесяті роки, важке завдання, щоб дати початок робіт з реконструкції монастиря, який був сильно пошкоджений в результаті бомбардувань Другої світової війни, покладених на вивчення Belgiojoso.Тут розташовувався, починаючи з двохсот, перший Домініканський Міланський монастир і два монастирі, де знаходяться Музей базиліки Святого Євсторгія і Єпархіальний музей, тому те, що залишилося від цього стародавнього монастиря.
Постійна колекція єпархіального музею, яка займає другу обитель, складається з більш ніж тисячі робіт між II і XXI століттями. З архієпископської площі прийшли колекції міланських архієпископів (частина колекції Монті, Вісконті, Ріккарді, Поццобонеллі і повна колекція Ерба Одескальчі).
Крім картин з церков єпархії, в музеї зберігається значна група творів богослужбових меблів. Завершують колекцію секція, присвячена золотим фондам (в основному тосканські роботи XIV і XV століть, зібрані професором Альберто Креспі і подаровані музею), а також скульптури і картини з колекції Катерини Марсенаро, малюнки з колекції Sozzani і дорогоцінна спадщина Шуберта.
Нарешті, до першого ядра скульптурних робіт Луція фонтана були додані численні роботи XX і XXI століть, що свідчить про зростаючий інтерес музею до сучасності.
