Зал, называемый театром из-за характерной формы амфитеатра, был спроектирован в 1637 году для анатомических занятий архитектором Болоньезе Антонио Паолуччи, который сказал Леванти, школьник Карраччи. Он был покрыт еловым деревом и украшен двумя орденами статуй, изображающих в нижней части двенадцать знаменитых Медичи (Гиппократ, Гален, Фабрицио Бартолетти, Джироламо Шадалья, Марчелло Мальпиги, Карло Фракассати, Мондино-де-Лиуцци, Бартоломео да Вариньяна, Пьетро Д'Аргелата, Костанцо Варолио, Джулио Чезаре Аранцио, Гаспаре Тальякоцци) и в верхней части двадцать самых известных анатомистов Болонской студии. Кафедра читателя, которая возвышается над кафедрой демонстранта, окружена двумя статуями, называемыми "голыми", вырезанными в 1734 году по рисунку Геракла Лелли, которые служили для отображения человеческого тела, как открытая книга. Над балдахином сидит женская фигура, аллегория анатомии, получает в дань от крылатого путто не цветок, а бедренная кость. Анатомический зал получил серьезные повреждения в результате бомбардировки, которая 29 января 1944 разрушила это крыло здания и была восстановлена в непосредственном послевоенном повторном использовании оригинальных деревянных скульптур, к счастью, восстановленных из руин. Это один из старейших сохранившихся анатомических театров.
