Археологическият музей на Миконос е построен през 1902 г. Музеят е създаден главно с цел да се запазят останките от ямата за пречистване, датираща от 426-425 г. пр.н.е. Тази яма е открита през 1898 г. от известния учен Д. Ставропулос на живописното островче Ренея. Елегантната архитектура на музея е проектирана от известния архитект Александрос Ликакис. Идеята за построяването на сградата, в която се помещава музеят, е на Министерството на образованието в сътрудничество с Археологическото дружество на Атина. Колекцията от вази, принадлежащи към елинистическия период, също заслужава внимание със своето присъствие. Една от основните забележителности на музея е доста артистично изработеният питос, умело изобразяващ сцени от превземането на Троя. Този забележителен питос е открит през 1961 г., докато багери копаят кладенец в Миконос.
Питосът художествено изобразява падането на троянската армия от квинтесенциалния дървен кон. Тялото на питоса е оградено с пана, на които са изобразени войници, тръгнали на настъпление срещу невинни жени и деца. Учените смятат, че питосът датира от VII в. пр. н. е. Хр. има и масивна архаична амфора, която се набива на очи със сложно оформена украса. От особено значение е статуетка със сфинкс на шията и конска глава на тялото.
С присъствието си се откроява и гробната стела на Гликон, която случайно е открита в морето. Жертвата се вижда седнала на скалите, в умилително и замислено настроение, гледаща с празен поглед по посока на носа на кораба. Върху постамента има надпис със следните думи: Гликон, син на Протогенис, добродетелен, сбогом ти. Тази надгробна стела е една от безценните колекции на музея.
Освен надгробната стела на Гликон, в музея се намира и надгробната стела на Терция Хорария. На нея се вижда как починалата жена е седнала и протяга прощалната си ръка към съпруга си, който е разположен точно отпред. Има и изображение на дете робиня със съда за накити на починалата си госпожа. Тази гробна стела е била разположена върху мраморен саркофаг с надпис Tertia Horaria в известното елинистическо гробище, разположено в Ренея. Смята се, че принадлежи към II в. пр. н. е.
В Ренея се намира и статуята на Херакъл. Тази безценна статуя е намерена през 1899 г. в сейфа на рая на Херакъл. Смелият мъж е изобразен гол и държи в лявата си ръка тояга и лъвска кожа. Тази изящна статуя е изработена от най-финия сорт парийски мрамор и се смята, че принадлежи към II в. Квинтесенцията на цикладския тиган със сложна украса, която включва женски гениталии в долната част, е открита от гроб в Миконос и се смята, че принадлежи към ранната цикладска епоха.
Един от най-известните артефакти в музея е архаичната хидрия, която е украсена със сложна флорална рисунка и изображения на коне. Тя е само една от многото вази, които са открити в ямата за пречистване. Заслужава си да се разгледа и чудесната червенофигурна хидрия, която се отличава с ръста на летяща Нике. В лявата част се вижда как елен се втурва към нея.
Известно е, че древногръцката цивилизация е използвала глина за придаване на форма на художествени фигури. В Археологическия музей на Миконос е изложена превъзходна глинена фигурка на красива жена, която е изобразена с традиционните хитон и химация. Тази рядка глинена фигурка е открита в Ренея и датира от II век. С присъствието си се отличава и статуята на мъртвец, облечен в традиционното облекло. Подобно на глинената фигурка на красивата жена, тази статуетка на мъртвец също е открита в местността Елинистическа Ренея.