В Археологическия музей на Питагорион се съхраняват около 3 000 предмета, открити при разкопки в древния град Самос и при други разкопки на острова. Тези експонати показват историческия ход на острова от 5-то хилядолетие пр.н.е. до 7-ми век от н.е. и изобразяват политическото значение на Самос в древността.
Колекцията на музея сколекция от "некролози" се откроява като уникално съкровище. Това са релефи, които изобразяват погребални пиршества, предлагащи представа за древните погребални обичаи и вярвания. Широката гама от керамични съдове, датиращи от IX в. пр.н.е. до II в. пр.н.е., допълнително обогатява предложенията на музея.
Между задължителните за посещение експонати са:
Мраморна седяща статуя на Ейсес, датираща от около 540 г. пр. Хр. и надписът разкрива, че тя е посветена на богинята Хера от Аеас, бащата на Поликрат. Интригуващо е, че е финансирана от богатството на Еасес, придобито от пиратство.
Великолепен мраморен саркофаг, изработен така, че да наподобява храмова постройка, произхождащ от втората половина на VI в. пр. н. е.
Малка гробна стела от порос, украсена с палметен финал и с надпис "DIAGORO TO GDILO", датираща от 530 г. пр.н.е.
Друга мраморна надгробна стела с палметен финал, открита в Хора и датирана към 500/490 г. пр. н. е.
Мраморна статуя на римския император Траян в големи размери, висока внушителните 2,71 м.
Детайлни мраморни портрети на римските императори Август и Клавдий, с височина съответно 0,49 и 0,53 метра.
Независимо дали сте любители на историята, на изкуството или просто сте любопитни за миналото, Археологическият музей на Питагорей осигурява завладяващо преживяване. Всеки артефакт разказва история, предлагайки осезаема връзка с древния свят и многото цивилизации, които са оставили своя отпечатък върху Самос.
Музеят е удобно разположен на около 300 метра от входа на пристанището.