Святилище посвящено фигуре Святой Маргариты, покровительницы Кортоны и францисканской Троицы, а также последующей культурной и духовной деятельности наблюдающих францисканцев. После смерти святой (22 февраля 1297) было решено построить церковь в ее честь, наряду с древней церкви Святого Василия, которую сама Маргарита восстановила после выбора ее в качестве места покаяния и молитвы. В 1304 году священное здание было уже построено, но его продолжали украшать важные фрески на протяжении всего триста. Из этого цикла росписи до нас дошли лишь несколько фрагментов, сохранившихся в епархиальном музее, но сохранилось свидетельство об этом в Кодексе XVII века, который документирует с 21 акварельными сценами росписи, потерянные в 1653 году, когда из-за их плохого состояния сохранения они были разрушены. Анализ сохранившихся фрагментов побуждает датировать их около 1335 года и приписывать их мастерской одного или обоих братьев Лоренцетти. В 1385 году церковь была передана оливетанским монахам, замененным в 1389 году несовершеннолетними наблюдателями, которые до сих пор заботятся о ней и приветствуют посетителей. В августе 1927 года возведен в Сан минора.