Базіліка Санта-Марыя размешчана ў тым месцы, дзе ў мусульманскую эпоху знаходзілася галоўная мячэць. Пасля заваёвы горада Жауме I у 1265 годзе мячэць заставалася на гэтым месцы да 1334 года. На вяршыні яго была пабудавана першая каталіцкая царква, верагодна, у гатычным стылі і з крыжовай планіроўкай, якая захоўвалася да 1492 года.
Лічыцца, што ў гэтым храме Містэр (Містэрыя Эльче) была выканана ўпершыню, верагодна, з будаўніцтвам сістэмы пандусаў, насцілу падлогі і высокай столі ў форме Купалы, Купалы або аркі, што было нормай для успенскіх уяўленняў таго часу.
Другая царква была больш і была дабудавана ў 1556 годзе, але павалілася з-за вельмі моцных дажджоў у 1672 годзе. Мы захавалі яго апісанне, зробленае Крыстаферам Сансам ў 1621 годзе: “Храм, дзе праводзіцца гэты фестываль, які з'яўляецца галоўнай царквой, здаецца, быў пабудаваны менавіта для гэтай мэты з-за яго велізарных памераў, з такім высокім нефом, што ён выклікае поўнае глыбокай пашаны трапятанне і здзіўленне ў старонніх. Здаецца, што сама Маці Божая трымае яго так, каб там можна было адсвяткаваць яе ўласную смерць і Ушэсце на нябёсы. Ва ўсім хрысціянскім свеце няма іншага такога будынка, як гэтая царква, будаўніцтва якой было завершана, як відаць з яе пабудоў, у 1556 годзе".
Будаўніцтва цяперашняй царквы пачалося ў 1672 годзе па загадзе майстра-будаўніка Франчэска Вэрдэ, які пераняў гэтую ролю ў пера Кінта і Ферана Фуке. З 1758 года будаўнічыя работы былі працягнутыя пры істотным удзеле архітэктара Маркаса Евангелле. Работы былі канчаткова завершаны ў 1784 годзе.
Яго планіроўка выканана ў форме лацінскага крыжа з вялікім цэнтральным нефам і чатырма капліцамі з кожнага боку з перфараванымі контрфорсамі. Над трансептом узвышаецца вялікі купал, які з'яўляецца часткай дэкарацыі Містэрыі Эльче і які звонку пакрыты блакітнай пліткай.
Можна прасачыць розныя стылі архітэктуры, ад першых спробаў палепшыць яе незафарбаваны стыль, да чыстага неакласіцызму, які праходзіць праз дэкаратыўнае італьянскае барока фасада Успення Прасвятой Багародзіцы, аднаго з самых прыгожых прыкладаў валенсийского барока. Як гэты фасад, так і галоўная дзверы Сан-Агатангело з'яўляюцца творамі Страсбургскага скульптара Нікаласа дэ Бюсси (1680-1682).
