След завладяването на Атина от османците пейзажът на града се променя значително. Султанският указ позволява на Атина да се превърне в мултиетнически град, като по време на окупацията на режима се дава указание за защита и промяна на предназначението на повечето храмове и паметници за обществено ползване.През 1759 г. Мустафа Ага Цистаракис, османският управител на Атина, нарежда да се построи джамия на площад Монастираки. В противоречие със султанската заповед обаче Цистаракис контролира разрушаването на една от колоните на древногръцки храм, за който се смята, че е или храмът на олимпийския Зевс, или библиотеката на Адриан, за да получи вар за строежа на джамията.Този акт довел до местно суеверие, тъй като се смятало, че разрушаването на храмове ще доведе до епидемии. Вследствие на това разгневените местни жители притискат султана да изгони Цистаракис от Атина като форма на успокоение. Въпреки това това изгонване не е достатъчно, тъй като по-късно Цистаракис е убит.Джамията на Цистаракис, квадратна двуетажна сграда с полусферичен купол върху осмоъгълна основа, служи като джамия до гръцката война за независимост. След като получава независимост от османците, гръцкото правителство използва сградата за различни цели, включително като зала за срещи на старейшини, затвор, казарма, склад и място за военни концерти и събития. Минарето, което е украсявало сградата, е разрушено някъде между 1839 и 1843 г.През 1915 г. сградата е ремонтирана и през 1918 г. е открита отново като Музей на гръцките занаяти. През 1920 г. на приземното ниво са добавени допълнителни офиси, а през 1923 г. музеят е преименуван на Музей на декоративните изкуства. През 1966 г. сградата е временно ремонтирана, за да послужи като място за молитва на краля на Саудитска Арабия Сауд по време на посещението му в Атина. От 1975 г. тя функционира и като пристройка към Музея на гръцкото народно изкуство. След земетресението през 1981 г. сградата е реставрирана и отново отворена за посетители през 1991 г., като разполага с допълнително изложбено пространство за музейните си цели. Тази сложна история показва как джамията "Цистаракис" е била трайна част от наследството на Атина, развивайки се, за да изпълнява различни роли през вековете.
