С откриването през 2001 г. кардинал Карло Мария Мартини, който е бил тогава под името през 2017 г., Музеят е точка на пристигане важен проект, който даде своя решаващ принос за някои от най-големите фигури на архиепископов миланских на хх Век. Произходът му датира от първата разбиране Блажен Илдефонсо Шустера 1931 г., а след това отново кардинал Монтини през 1960 г., който посочва като място на новия музей манастири " Свети Евсторгия, един от ключовите места за историята на християнството Амброзиана. Най-накрая ще бъде, Кардинал Мартини, през Осемдесетте години, е трудна задача, за да даде началото на работата по реконструкцията на манастира, който е бил силно повреден в резултат на бомбардировките на втората световна война, възложени на проучване Belgiojoso.Тук се заселват, като се започне с двеста, първият доминиканската миланската манастир и два манастира, където се намират Музея на Базиликата " Св. Евсторгия и епархиальный музей, така че това, което е останало от този древен манастир.
Постоянната колекция на епархийския музей, която заема втората обител, се състои от повече от хиляда произведения между II и 21 век. От архиепископския площад дойдоха колекциите на миланските архиепископи (част от колекцията на Монти, Висконти, Рикарди, Поцобонели и пълната колекция на Ерб Одеалчи).
В допълнение към картините от църквите на епархията, музеят съхранява значителна група произведения на богослужебната мебел. Допълват колекция от раздел, посветен на златните фондове (основно тоскански работа XIV и XV век, събрани от професор Алберто Crespi и дарени от музея), а също и на скулптура и живопис от колекцията на Екатерина Марсенаро, картини от колекцията на Sozzani и ценно наследство на Шуберт.
И накрая, към първото ядро на скулптурните произведения на Луций фонтан бяха добавени множество творби от XX и XXI век, което показва нарастващия интерес на музея към модерността.
