Мартиновата катедрала в Айзенщат е спомената за първи път през 1264 г. От този параклис все още има останки от Романска фондация в района на днешния хор. През 13 век параклисът е разширен с добавянето на ранен Готически хор. През 14-ти век е добавен параклис за миряни. През 1460 г.църквата е възстановена под управлението на капитан Йохан Сибенхиртер като укрепена или отбранителна църква, тъй като се очаква нападение от турците след падането на Константинопол през 1453 г. Готическата сграда е завършена през 1522 година. След Големия пожар от 1589 г.изминали почти 30 години преди построяването на силно повредената църква, между 1610 и 1629 г.
През 1777 г.е добавен голям олтар от Стефан Дорфмайстер, изобразяващ Преображението на Свети Мартин. През следващата година Виенският строител на органи Малек монтира орган по нареждане на Йозеф Хайдн.
След създаването на епархията Айзенщат, църквата Свети Мартин е издигната до ранг на катедрала през 1960 г. Свети Мартин става покровител на епархията и земята. При епископ Стефан л .áó през 1960 г.интериорът и прозорците са подновени.
Катедралата е известна с църковната си музика. Тук се провеждат и концертите на ежегодния Хайдн фестивал. През 2002/2003 г. катедралата е обновена отново, интериорът е обновен. Модерното обзавеждане е проектирано от художника Бриджит Кованц.
