Маяк Кыпу находится в постоянном пользовании с тех пор, как он был впервые построен в 1531 году. Идея строительства маяка возникла еще до 1490 года, потому что самый важный судоходный путь с востока на Запад в Балтийском море проходил через песчаную отмель Хийу, где и находится башня. Ганзейские купцы в течение многих лет просили поставить на полуострове достопримечательность, и в конце концов они получили разрешение в 1499 году от епископа епископства Эзель-Вик. На следующий год епископ согласился позволить им построить массивный каменный столб без каких-либо отверстий. Однако строительство застопорилось на несколько лет после начала войны.
Большая часть строительства башни велась с 1514 по 1519 год, а первый пожар был зажжен осенью 1531 года. С тех пор несколько частей башни были реконструированы. Сегодня маяк Кыпу служит символом Хийумаа и является главной туристической достопримечательностью.