Після завоювання Афін Османською імперією ландшафт міста зазнав значних змін. Султанський указ дозволив Афінам стати багатоетнічним містом, з директивою захистити і перепрофілювати більшість храмів і пам'ятників для громадського використання під час окупації.У 1759 році Мустафа Ага Цистаракіс, османський губернатор Афін, наказав побудувати мечеть на площі Монастиракі. Однак, діючи всупереч султанському указу, Цистаракіс наказав зруйнувати одну з колон давньогрецького храму, який вважався або храмом олімпійського Зевса, або бібліотекою Адріана, щоб отримати вапно для будівництва мечеті.Цей вчинок спричинив місцеві забобони, оскільки вважалося, що руйнування храмів принесе епідемії. Як наслідок, розлючені місцеві жителі тиснули на султана, щоб той вигнав Цистаракіса з Афін як форму заспокоєння. Проте, цього вигнання було недостатньо, оскільки пізніше Цистаракіса було вбито.Мечеть Цистаракіса, квадратна двоповерхова будівля з напівсферичним куполом на восьмикутній основі, слугувала мечеттю до війни за незалежність Греції. Після здобуття незалежності від Османської імперії грецький уряд перепрофілював будівлю для різних цілей, в тому числі під зал засідань для старійшин, в'язницю, казарми, склад і місце проведення військових концертів та заходів. Мінарет, що прикрашав будівлю, був зруйнований десь між 1839 і 1843 роками.У 1915 році будівлю відреставрували і знову відкрили у 1918 році як Музей грецьких ремесел. У 1920 році на першому поверсі були добудовані додаткові приміщення, а в 1923 році музей було перейменовано на Музей декоративного мистецтва. У 1966 році будівля була тимчасово відремонтована, щоб слугувати місцем молитви для короля Саудівської Аравії Сауда під час його візиту до Афін. З 1975 року вона також функціонує як прибудова до Музею грецького народного мистецтва. Після землетрусу 1981 року будівлю було відреставровано і знову відкрито для відвідувачів у 1991 році з додатковою виставковою площею для музейних цілей. Ця складна історія демонструє, як мечеть Цистаракіс стала невід'ємною частиною афінської спадщини, розвиваючись і виконуючи різні функції протягом століть.