Место глубокой святости, склеп был выбран Сан-Карло Борромео в качестве личного молитвенного места, куда он ходил каждую среду и пятницу днем. Нередко было видеть, как он проводит целые ночи в том, что он сам назвал “гимназией Святого Духа”, в поклонении симулякру Гроба Христа. По этой причине после его канонизации была установлена полихромная терракотовая статуя, изображающая святого, стоящего на коленях перед саркофагом.
Крипта также позволяет посетителям войти в контакт с одним из старейших свидетельств в истории города. Мощение, состоящее из больших плит белого камня "Вероны", на самом деле происходит от мощения древнего римского форума 4-го века, главной площади Римской чивитас, где проводились крупнейшие гражданские и религиозные мероприятия.
Вновь открыт для публики после пятидесяти лет в 2016 году, впоследствии крипта была предметом сложной реставрации, финансируемой MIBAC, и завершилась в конце весны 2019 года, направленной главным образом на восстановление украшенных поверхностей. Благодаря реставрации, действительно, появились замечательные фрески и украшения, такие как декоративный цикл звезд и растительных элементов на сводах пресвитерия, датируемый концом двести. Также были восстановлены два красивых и интенсивных распятия (один на лестнице вниз, другой тринадцатого века в пресвитерии), три стоящие фигуры Магдалины, Иоанна Крестителя и Елены, матери Константина (или, возможно, святой Екатерины Александрийской), ужин в доме Симона в левом крыле пресвитерия, фрески шестнадцатого века Мадонны ди Лорето и Мадонны и Санти Рокко и Джованни Баттиста в атриуме и лепнина и украшения семнадцатого века апсиды, с изображением инструментов страсти.
