У римські часи острів Патмос був місцем вигнання, і учень Ісуса, святий Іоанн в 95 році нашої ери опинився на острові, тому що був засуджений до вигнання на два роки. Насправді Патмос явно згадується в роботі як місце, де він мав свої бачення, і написав Апокаліпсис, останню з 27 книг Нового Завіту. Печера Святої Анни, в якій це повинно було статися, вважається одним з найважливіших місць в християнстві. І з цього Патмосу його називають"Єрусалимом Середземномор'я". Монастир був заснований святим Христом під час арабського періоду, в XI столітті, а потім названий на честь святого Іоанна Богослова. Патмос був майже пустельний, коли цей обдарований і освічений чернець, Санкт Cristodulo в 1088 році попросив і отримав в управління весь острів від візантійського імператора Алексія I Комніна, тому що він заснував монастир на честь Святого Іоанна Богослова. Сан-Крістодуль залишався в Патмосі до 1108 року, коли він був змушений покинути його через вторгнення турецьких піратів і помер того ж року в Евбеї. Однак його мрія продовжувала надихати інших ченців, які продовжили свою роботу в наступні століття і розширили монастир між п'ятнадцятим і сімнадцятим століттями. Заснування монастиря Святого Іоанна Богослова поклало початок культурному і релігійному шляху, який привів острів до того, щоб бути орієнтиром для всього християнства. З цього часу почався дивовижний розвиток на острові Патмос, не тільки з культурної, але і з економічної точки зору. Протягом століть, протягом майже тисячоліття історії Монастир Сан-Джованні завжди залишався активним і зберіг дуже цінні фрески і стародавні документи. Острів Патмос був оголошений святим Патріархатом, синодичним актом і законом 1155/81 грецької держави. Монастир разом з містом хору і печерою апокаліпсису були названі об'єктом Всесвітньої спадщини ЮНЕСКО в 1999 році за їх високу універсальну цінність. Монастир, видимий ззовні, виглядає як фортеця своїми вражаючими стінами висотою 15 метрів. Насправді він був побудований на найвищій вершині Патмоса з ідеєю створення місця, добре захищеного від піратів. Після смерті ченця було завершено будівництво могутніх зовнішніх стін головної церкви (так званого Католикону) трапезної і деяких з двадцяти келій, якими сьогодні мають ченці. Всередині монастиря багато дворів, монастирів і 10 каплиць. У центральному дворі з трьома великими арками, побудованими в 1698 році, знаходиться Католицька церква, що складається з головної церкви, каплиці Святого Христа і каплиці Богородиці. Каплиця, присвячена Богородиці, має прямокутне планування і містить найстаріші фрески монастиря, що відносяться до кінця XI століття. Всередині Церкви, з грецьким хрестом і центральним куполом, є іконостас 1820 року і деякі фрески 17-го століття.