Монастирі розташовані на півночі Вірменії, в Туманському районі. Санаїн зараз знаходиться в межах міста Алаверді, а Ахпат - на північний схід від нього, в однойменному селі.
Монастир Санаїн, розташований на високому плато, серед невисоких будівель, різко підноситься на тлі крутих, порослих лісом схилів хребта Базум. Ансамблі доповнюються невеликими церквами, побудованими поруч з ними.
За три століття в монастирях було побудовано більше 20 різних церков і каплиць, чотири прибудови, усипальниці, дзвіниці, будівля Академії, книгосховища, трапезні, галереї, мости та інші монументальні споруди, не кажучи вже про численні житлових і службових приміщеннях.
Основні монастирські будівлі згруповані навколо своїх головних храмів, утворюючи цілісні архітектурні організми. Вони асиметричні щодо своїх головних осей, що надає їм мальовничість.
Компактність і гармонійна збалансованість комплексів досягаються завдяки тому, що кожен наступний архітектор виходив зі стану вже існуючого ансамблю і узгоджував з ним форму і планування своїх власних будівель.
Ансамблі Санаїна і Ахпата виділяються не тільки оригінальною архітектурою релігійних і особливо цивільних будівель. Вони також вельми повчальні як зразки містобудівного мистецтва, що свідчать про високу майстерність Вірменських архітекторів. Відзначені єдністю і компактністю своєї асиметричної планування, вони справили величезний вплив на розвиток середньовічної вірменської архітектури.
