Монастыри расположены на севере Армении, в Туманском районе. Санаин сейчас находится в черте города Алаверди, а Ахпат - к северо-востоку от него, в одноименной деревне.
Монастырь Санаин, расположенный на высоком плато, среди невысоких строений, резко возвышается на фоне крутых, поросших лесом склонов хребта Базум. Ансамбли дополняются небольшими церквями, построенными рядом с ними.
За три столетия в монастырях было построено более 20 различных церквей и часовен, четыре пристройки, усыпальницы, колокольни, здание Академии, книгохранилища, трапезные, галереи, мосты и другие монументальные сооружения, не говоря уже о многочисленных жилых и служебных помещениях.
Основные монастырские здания сгруппированы вокруг своих главных храмов, образуя целостные архитектурные организмы. Они асимметричны относительно своих главных осей, что придает им живописность.
Компактность и гармоничная сбалансированность комплексов достигаются благодаря тому, что каждый последующий архитектор исходил из состояния уже существующего ансамбля и согласовывал с ним форму и планировку своих собственных зданий.
Ансамбли Санаина и Ахпата выделяются не только оригинальной архитектурой религиозных и особенно гражданских зданий. Они также весьма поучительны как образцы градостроительного искусства, свидетельствующие о высоком мастерстве армянских архитекторов. Отмеченные единством и компактностью своей асимметричной планировки, они оказали огромное влияние на развитие средневековой армянской архитектуры.
