Музей акупацыі быў адкрыты 1 ліпеня 2003 года і прысвечаны перыяду 1940-1991 гадоў у гісторыі Эстоніі, калі краіна была акупаваная Савецкім Саюзам, затым нацысцкай Германіяй, а затым зноў Савецкім Саюзам. Большую частку гэтага часу краіна была вядомая як эстонская Савецкая Сацыялістычная Рэспубліка.