Национальный археологический музей Неаполя является одним из старейших и наиболее важных в мире благодаря богатству и уникальности наследия и его вкладу в Европейский культурный ландшафт. Происхождение и формирование коллекций связаны с фигурой Карла III бурбона, на троне Неаполитанского королевства с 1734 года, и его культурной политикой: король содействовал исследованию везувийских городов, погребенных в результате извержения 79 года н. э. (началось в 1738 году в Геркулануме, в 1748 году в Помпеях) и курировал создание в городе Фарнезийского музея, передавая из резиденций Рима и Пармы часть богатой коллекции, унаследованной от матери Елизаветы Фарнезе.
Он обязан сыну Фердинанду IV проект воссоединения в текущем здании, возникшем в конце 1500-х годов с назначением cavallerizza и с 1616 до 1777 штаб-квартиры университета, два ядра коллекции Фарнезе и коллекции экспонатов Везувий уже выставлены в Музее Эрколанезе в Королевском дворце Аркад.
С 1777 года здание было затронуто длительным этапом ремонтных работ и проектов расширения, возложенных на архитекторов F. Fuga и P. Schiffarelli. В течение десятилетия французского господства (1806-1815) были сделаны первые постановки, и с возвращением Бурбонов в Неаполь в 1816 году он получил название Королевского музея Бурбонов. Задуманный как универсальный музей, в нем размещались институты и лаборатории (Королевская библиотека, Академия рисования, мастерская папирусов...), позже переведенные в другие места в 1957 году.
Коллекции музея, ставшие национальными в 1860 году, были обогащены приобретением экспонатов из раскопок в местах кампании и Южной Италии и частных коллекций. Перенос картинной галереи в Каподимонте в 1957 году определяет фактическую физиономию археологического музея. В нем хранятся ценные коллекции и археологические находки, выделяющиеся между доисторическим и поздним римским веками, к которым добавляются многочисленные исторические коллекции, в том числе семьи Фарнезе, Борджиа и коллекции Древнего Египта.
