Произходът на Костомаровския Спаски манастир не е известен със сигурност, но се смята, че е основан като манастир през XVII в. от монаси от Украйна, които се заселват тук заедно с казаци. Възможно е обаче манастирът всъщност да е много по-стар и дори има теория, че датира от времето, когато християнството за пръв път се въвежда в Русия.
Първото писмено свидетелство за манастира е от края на XVIII в., когато той се споменава като скит на Белогорския Воскресенски манастир. След революцията манастирът е закрит, въпреки че някои монаси тайно остават тук. Един такъв монах е старецът Пьотр, който, когато е открит в края на 30-те години на ХХ в., е хвърлен в затвора и се твърди, че по-късно е починал в затвора. По време на Втората световна война бившият манастир се намира в окупирана територия и се твърди, че някои местни хора са се скрили в пещерите. За кратко след войната е разрешено храмът "Спасител" да бъде отворен отново, но през 1959 г. той отново е затворен по силата на антирелигиозната политика на Хрушчов. През 1997 г. територията е върната на православната църква и е отворена отново, но по-скоро като манастир, отколкото като манастир.
