Знаходжанне ў сталіцы Мальты не будзе поўным без наведвання сабора Святога Іаана на Мальце. Праект быў замоўлены ў 1572 г. вялікім майстрам Жанам дэ ла Касьерам у якасці царквы для Ордэна рыцараў Святога Іаана па праекце мальтыйскага архітэктара Гералама Касара. Праца была завершана ў 1577 годзе і прысвечана святому Яну Хрысціцелю, аднаму з двух святых апекуноў ордэна. Кафедральны сабор Святога Яна ў Валетце дэманструе важнасць хрысціянства для Мальты. Знешне гэты сабор 16-га стагоддзя можа выглядаць не вельмі, але зазірніце ўнутр, і вас чакае сапраўдны сюрпрыз. Сабор быў адрамантаваны ў XVII стагоддзі і мае багаты барочны дэкор. Акрамя багатага барочнага мастацтва і рэліквій, Кафедральны сабор таксама захоўвае ўражлівыя фрэскі ў стылі барока, упрыгожаныя мармуровыя падлогі, трохмерныя статуі, разьбяныя каменныя сцены і захапляльныя дух скляпеністыя столі, упрыгожаныя вядомым італьянскім мастаком барока Маціа Прэці. Сабор таксама з'яўляецца домам для аднаго з самых сусветна прызнаных твораў Мікеланджэла Мерызі да Караваджа, вядомага як ‘Усячэнне галавы святога Яна Хрысціцеля’ (1608 год). Карціна, размешчаная ў араторыі, з'яўляецца самым вялікім творам мастацтва Караваджа і адзіным, на якім стаіць яго подпіс. Кожны дзень у годзе наведвальнікі накіроўваюцца ў сабор, каб зірнуць на знакамітыя творы мастацтва, і многія вяртаюцца ў сабор кожны раз, калі знаходзяцца на востраве. Сам сабор складаецца з дзевяці красамоўна аздобленых капліц па абодва бакі; восем былі пабудаваны для кожнай з моў рыцараў Святога Іаана, а дзявятая прысвечана іх святой заступніцы, Маці Божай Філермскай, іншай святой заступніцы Ордэна. У апошняй капліцы таксама знаходзіцца старажытны абраз дамы Філермас, які рыцары лічылі святыняй. Кафедральны сабор Святога Яна на Мальце таксама захоўвае таямнічую крыпту з магіламі мінулых Вялікіх Магістраў Рыцарскага Ордэна Святога Яна.