Найважливішою частиною монастиря і костелу капуцинів є крипта під ним, яка, до того ж, прославила містечко Савоча. Він був збудований під костелом і невеликою площею, на яку він виходив, на початку 17 століття. Всередині знаходяться 37 мумій. Перша датується 1776 роком - дворянина П'єтро Сальвадоре, а остання - 1876 роком - Джузеппе Трішітта. Як і у випадку з монастирем капуцинів у Палермо, мумії належать до аристократії Савоки - знатних патриціїв, адвокатів, священиків, монахів, абатів, лікарів, поетів, суддів і трьох дітей. Коли мумії, після закінчення процесу бальзамування, були одягнені в елегантні шати, в нішах і трунах, в яких вони знаходяться, з'являється, майже як на фотографії, маленьке містечко минулого: Савока минулих часів. З 37 мумій 17 виставлені вздовж однієї стіни склепу, містяться в нішах, інші зберігаються в урнах і трунах, також у підвальному приміщенні. Є також вівтар, ймовірно, для святкування виборчих мес. На "виготовлення" мумії йшло близько шістдесяти днів, і процес муміфікації був схожим майже по всій Сицилії. Це був метод, відомий як природне сушіння. Труп спочатку піддавався дводенному витримуванню у розведенні солі та оцту. Дочекавшись, поки витечуть нутрощі, його віднесли до склепу, де відбулося "природне" висушування завдяки повітряним потокам у навколишньому середовищі. Після того, як мумію було отримано, її одягнули в її одяг і урочисто виставили всередині склепу.
Про те, що муміфікація стала чимось на кшталт моди на Сицилії 19-го століття, свідчить наявність у самій Савоці (та й на решті території Сицилії, як ми побачимо) інших склепів та інших мумій, як, наприклад, у церкві-матері Санта-Марія-ін-Чіело-Ассунта, збудованій у 1130 році, яка нині є італійським національним пам'ятником, всередині якої зберігаються й інші трупи знатних людей міста. У 1998 році під час реставраційних робіт у костелі Непорочного Зачаття, який перебував у занедбаному стані (для використання під муніципальний філармонійний центр), під підлогою храму було виявлено старовинну крипту, в якій були поховані ченці монастиря францисканців Братів Менших та власне мешканці району Сан-Рокко.
