Происхождение Костомаровского Спасского монастыря доподлинно неизвестно, но считается, что он был основан как монастырь в XVII веке монахами из Украины, которые поселились здесь вместе с казаками. Однако не исключено, что монастырь гораздо старше, и даже существует версия, что он возник еще во времена, когда христианство только зарождалось в России.
Первые письменные свидетельства о монастыре относятся к концу XVIII века, когда он упоминается как скит Белогорского Воскресенского монастыря. После революции монастырь был закрыт, хотя некоторые монахи тайно оставались здесь. Одним из таких монахов был старец Петр, который в конце 1930-х годов, когда его обнаружили, был заключен в тюрьму и, как говорят, позже умер в заключении. Во время Второй мировой войны бывший монастырь находился на оккупированной территории, и некоторые местные жители, как говорят, спрятались в пещерах. Вскоре после войны Спасскому собору было разрешено вновь открыться, но в 1959 году он был снова закрыт в рамках антирелигиозной политики Хрущева. В 1997 году территория была возвращена православной церкви и вновь открыта, но уже как женский, а не мужской монастырь.
