Пачатае ў пачатку 13 стагоддзя як замена больш ранняй раманскай царквы, будаўніцтва працягвалася да канца стагоддзя ў мясцовым стылі шэльдскай готыкі (названым у гонар найблізкай ракі). Тыповым для гэтага стылю з'яўляецца выкарыстанне шэра-блакітнага каменя з раёна турнэ, адзінай вялікай вежы над скрыжаваннем і стройных вежак па кутах будынка.
Царква Святога Мікалая, пабудаваная ў старым гандлёвым цэнтры Гента побач з ажыўленым Карэнмарктам (пшанічным рынкам), карысталася папулярнасцю ў гільдый, члены якіх вялі свой бізнэс паблізу. У гільдый былі свае ўласныя капліцы, якія былі прыбудаваны да сцен царквы ў 14 і 15 стагоддзях.
Цэнтральная вежа, якая часткова фінансавалася горадам, служыла наглядальным пунктам і несла гарадскія званы, пакуль не была пабудавана суседняя Званіца Гента. Гэтыя дзве вежы, разам з саборам Святога Баво, да гэтага часу вызначаюць знакаміты сярэднявечны сілуэт цэнтра горада. Адным з скарбаў царквы з'яўляецца яе орган, выраблены знакамітым французскім арганістам Арыстыд Кавайе-Коллем.
На працягу стагоддзяў будынак паступова руйнавалася да такой ступені, што пагражала яго стабільнасці. Расколіны былі залепленыя тынкоўкай, вокны закладзены цэглай, каб умацаваць сцены, а ў 18 стагоддзі на паўразбураных фасадах былі пабудаваныя маленькія домікі і крамы. Цікавасць да царквы як да гістарычнага помніка паўстала прыкладна ў 1840 годзе, а на мяжы 20-га стагоддзя з'явіліся буйныя планы рэстаўрацыі. Дома побач з царквой былі знесены, і з таго часу было праведзена шмат рамонтных работ.
