הכנסייה עומדת בראש הגבעה במיקום מקסים. באתר של הכנסייה הנוכחית הייתה כנסייה קטנה שנבנתה על ידי הנזירים הקמאלדולים במאה ה-XI והוקדשה לבזיליקום הקדוש. הכנסייה ניזוקה במהלך ביזת קורטונה של 1258 ונבנתה מחדש ב-1288 על ידי סנטה מרגריטה הוקדשה לבזיליקום הקדוש, סנט אג ' ידיו מונקו וקתרין מאלכסנדריה. מרגרט הקדושה, בחדר מאחורי הכנסייה הקטנה הזו, חיה את שנותיה האחרונות ומתה שם ב-1297. היא נקברה בכנסיית סנט בזיל. מיד לאחר מותו של מרגריטה הקורטונזי (Margherita the cortonesi), ליד הכנסייה, בנה כנסייה גדולה יותר שעיצבה ג ' ובאני פיזאנו וב-1330 הזיז את גופתו של הקדוש. מתוך המבנה מהמאה ה-14 נותר רק חלון הוורדים בחזית הבניין, מגדל הפעמון והקירות החיצוניים של המקהלה. במהלך המאה ה-14 הכנסייה המשיכה לייפות ציורי קיר חשובים. מתוך מחזור ציור הקיר הזה הגיעו אלינו רק כמה קטעים שהשתמרו במוזיאון הדיוקסיה, אבל ראיות לכך נשמרות בקוד של המאה השבע עשרה כי מסמכים עם עשרים ואחד סצנות בצבעי מים ציורי הקיר שאבדו בשנת 1653 כאשר, בשל מצב השימור העני שלהם, הם נשטפו. הניתוח של השברים ששרדו מוביל לתאריך אותם סביב 1335 ולייחוס אותם לסדנה של אחד או שני האחים לורנצטי. ב-1385 הכנסייה הופקדה בידי הנזירים של אוליבטן, והוחלפה ב-1389 על ידי קטינים שומרי מצוות שעדיין מטפלים בה ומברכים את המבקרים. לכנסייה היו שינויים רצופים בעידן המודרני, שבהם נותרו המזבחות של המאה השבע עשרה, אבל השינוי החשוב ביותר, אך נעלם לחלוטין, היה זה המבוקש באמצע שנת 700 על ידי ג 'ון החמישי, מלך פורטוגל, שקיבל חסד מן הקדוש. הכנסייה הנוכחית היא במקום תוצאה של שחזור המאה התשע עשרה, הפקיד הראשון לאדריכל אנריקו Presenti, שהחליף את הספינה הראשית המקורית עם מבנה בזיליקה, אז לאדריכל מריאנו פלקני, שסיים את הבניין הקדוש מבלי לרצות את הקורטונזית. לכן, בשנת 1896 האדריכל ג 'וזפה קסטלוצ' י הוזמן לעשות שוב את החזית, אשר נושאת בעין את חלון הוורדים של הכנסייה ההרוסה הישנה מהמאה ה-14. באוגוסט 1927 הוענקה לבזיליקה מזערית כבוד. בקפלה של בית הרוחב השמאלי נמצאת אנדרטת הקבר השיש מהמאה ה-14 של סנטה מרגריטה; השרידים המכובדים מונחים בכד הכסף (1646) במזבח העליון.
