מי שמתעניין בהיסטוריה הימית של יוון ימצא שלל תערוכות מרתקות במוזיאון הימי האגאי, השוכן באחוזה מסורתית מהמאה ה-19 בלב העיר מיקונוס. המוזיאון הימי האגאי הוא מוסד ללא מטרות רווח אשר נוסד בשנת 1985 באי מיקונוס. מטרתו היא לאסוף מחקר ולקדם את ההיסטוריה והמסורת הימית היוונית, בפרט את האבולוציה והפעילות של ספינת הסוחר, בעיקר באזור ההיסטורי של הים האגאי. מייסד ה-Μuseum, המיקוני ג'ורג' מ. דרקופולוס, זכה בפרס האוסקר של אתונה ובפרס World Ship Trust של הישג אישי.הבניין שימש בעבר כביתו של המאסטר האגדי של ספינת הסוחר "אנוסיס", ניקולאוס סורמליס, שסייע לכרתים במהלך מלחמת העצמאות שלהם. אוספי המוזיאון מאפשרים למבקר לטייל בזמן בהיסטוריה הימית היוונית, על שפת הים של הים האגאי מימי קדם ועד ימינו. המוצגים בו כוללים דגמי ספינות מהתקופה הפרה-מינואית ועד היום, מסמכי משלוח היסטוריים, תחריטים ומפות נדירות, חפצים עתיקים, מכשירי ניווט, ציוד וכלים, וכן אוסף מטבעות נדירים המתארים נושאים ימיים מהמאה החמישית. לפני הספירה עד המאה החמישית לספירה. בגן הירוק והמרווח של המוזיאון שוכנות רפרודוקציות של מצבות שיש עתיקות מהאיים מיקונוס ודלוס, בהן מעורבים ספינות טרופות ומלחים שאבדו בים.ספריית המוסד מורכבת מיותר מ-5,000 כרכים של תוכן ימי, אוסף כתבי יד, תצלומים ומתעדכנת כל הזמן בחומר ארכיוני נוסף. המוזיאון הימי האגאי פיתח גם פעילות הוצאה לאור משמעותית הכוללת ספרים, עלון המוזיאון וסדרה של גלויות, פוסטרים ועלונים אינפורמטיביים.01המוזיאון הימי האגאי גאה גם בשלושת התערוכות ההיסטוריות ה"חיות" שלו: מגדלור "ארמניסטיס", סירת המפרש מסוג Perama "Evangelistria" וספינת הקיטור להנחת הכבלים "Thalis o Milissios". המוזיאון הציל ושיקם את המוצגים הללו כדי לפעול כפי שעוצבו ונבנו במקור. שני כלי השיט עגונים כעת ברציף המוזיאון של הצי ההלני במרינת פליאו פלירו.
