ההיסטוריה של גרוטה די נטונו מתוארכת לתקופות פרהיסטוריות. מספר עקבות, השייכים לניאוליתי, שנמצאו בתוכם, מעידים על כך שחלפו כ-2,000,000 שנים מאז היווצרותו. כמעט בטוח שגברים פרימיטיביים הכירו אותם והשתמשו בהם בהתאם לצרכיהם.מערות נפטון הן לא רק המפורסמות ביותר אלא גם הגדולות ביותר. הם נמשכים כ-4 ק"מ אך מטעמי בטיחות תיירים יכולים לגשת רק לחלק מהם. מלבד ייצוג יעד תיירותי חשוב וקבלת פני מבקרים מכל רחבי העולם, Grotte di Nettuno הם גם יעד אטרקטיבי גדול עבור ספלולוגים, היחידים שיכולים לבקר בנקיקים הסודיים ביותר.
