הפארק הלאומי טונקינסקי מאופיין בשטח הררי ושבור מאוד. נתיב המים הראשי של הפארק הוא נהר אירקוט עם מספר יובלים. הצמחייה של הפארק מיוצגת על ידי מאונטיין מדו, מאונטיין-טונדרה, טייגה וקהילות הר-טאיגה (mountain-taiga). פלורה של האזור הזה היא מגוונת מאוד. יותר מ-900 מינים של צמחים וסקולריים גדלים בשטח פארק טונקינסקי, הרב שבהם הם אחו ופלנטה יער.
גם בעלי החיים בפארק מגוונים למדי. יותר מ-40 מינים של חיות חיים כאן. מתוך נציגים גדולים ובינוניים של פאונה, יש צורך להבחין בין הסנאי המעופף, הסנאי המעופף, הסנאי ארוך הזנב, סמור, סמור, דישון, אייל, מוסקרט, גירית, פרוש, דוב חום, צבי, רו, חזיר בר, צבי מוסק וכן הלאה.
בטריטוריה של הפארק הלאומי, יש הרבה אנדרטאות טבעיות מדהימות, למשל: "Marble bottom", המקור של "Khongor-Uula","Hobokskoye Lake".
