הם מתפתלים מתחת לאדמה של רומא, לאורך דרך אפיאן העתיקה, בסדרה של מנהרות מפחידות למראה, למסלול של למעלה מ-25 ק"מ של מנהרות הפרוסות על פני 4 מפלסים ומגיעות לעומק של יותר מ-20 מטרים. לפי המסורת הם ימשכו עוד 200 ק"מ בתת הקרקע של לאציו.הקטקומבות היו מקומות קבורה והפכו גם למקום עלייה לרגל של נוצרים מוקדמים שנרדפו על ידי האימפריה הרומית. זהו מקום משופע בהיסטוריה, מוקף באווירה קסומה, ייחודית ויקרה מאוד. מספר לא ידוע של אנוסים, 16 אפיפיורים ואנשים פשוטים רבים נקברו בקטקומבות אלו.הם לוקחים את שמם מהדיאקון ס' קליסטו, שבתחילת המאה ה-3 מונה על ידי האפיפיור זפירינוס לנהל את בית הקברות וכך הפכו הקטקומבות של ס' קליסטו לבית הקברות הרשמי של כנסיית רומא.שתי בזיליקות קטנות עם שלושה אפסיסים, הנקראות "טריקור", נראות מעל פני הקרקע. האפיפיור ס' זפירינו והקדוש מעונה הצעיר של סעודת האדון, ס' טרסיסיו, נקברו כנראה במזרחית.בית הקברות התת קרקעי מורכב ממספר אזורים. קריפטת האפיפיורים היא המקום הקדוש והחשוב ביותר של הקטקומבות הללו, המכונה "הוותיקן הקטן" מכיוון שנקברו בו 9 אפיפיורים וכנראה 8 נכבדי הכנסייה מהמאה ה-3. לאורך הקירות מופיעות הכתובות היווניות המקוריות של 5 אפיפיורים. על 4 מצבות, ליד שמו של האפיפיור יש את התואר "בישוף", כי האפיפיור נחשב לראש כנסיית רומא, ועל שתי מצבות יש גם הקיצור היווני של "MPT" (שהיד) .הקריפטה של ס. ססיליה, הפטרונית הפופולרית של המוזיקה. ממשפחה רומית אצילית, היא נהתה במאה השלישית. קבורה במקום שבו עומד הפסל שלה, היא הוערצה כאן במשך חמש מאות שנים לפחות. בשנת 821 הועברו השרידים שלה לטרסטוורה בבזיליקה שהוקדשה לה.הפסל של סנטה ססיליה הוא עותק של יצירתו המפורסמת של מדרנו, שפוסלה בשנת 1599. הקריפטה הייתה מעוטרת כולה בציורי קיר ובפסיפסים. על הקיר ליד הפסל יש תמונה עתיקה של ססיליה הקדושה, בגישה מתפללת, בהמשך, בגומחה קטנה, מתואר המושיע, אוחז בבשורה בידו; לידו מצויר האפיפיור הקדוש המעונה ס.אורבנו. על קיר אחד של הצוהר ניתן לראות את דמויותיהם של שלושה אנוסים: פוליקאמו, סבסטיאנו וקווירינו. הם הגרעינים העתיקים ביותר (המאה השנייה).עוברים דרך גלריות מרשימות ומלאות נישות, אנו מגיעים לחמישה חדרים קטנים, קברים משפחתיים אמיתיים, המכונים תאים של הסקרמנטים וחשובים במיוחד עבור ציורי הקיר שלהם. ניתן לתארך את ציורי הקיר מתחילת המאה ה-3 ומייצגים באופן סמלי את הסקרמנטים של הטבילה והסעודת. גם יונה הנביא מתואר שם, סמל לתחייה.
