כנסיית סן ג'ובאני צמודה לבית העירייה מכיוון שזו הייתה במקור הכנסייה הקשורה למנזר הבנדיקטיני.לחזית יש שלושה סדרים עם גליות אנכית אופיינית האופיינית לכנסיות של ואל די נוטו. בצו השני יש קנאת ברזל שמזכירה את מרפסות הבניינים מסביב. העבודה על הבניין הנוכחי החלה לאחר 1760 ונוהלה על ידי אלברטו מריה די סן ג'ובאני בטיסטה, בעוד שהעיצובים מיוחסים לווינצ'נזו סינטרה; במאה ה-19 הייתה גם התערבותו של סלבטורה עלי. לפנים יש צורה אליפסה, אבל תוכנית הכנסייה היא תרגיל במעגלים שבהם נמצאים הספינה הראשית, הנרתקס והאפסיס. הקירות והקמרון מעוטרים בעבודות טיח עשירות של ג'ובאני ג'יאנפורמה, בעוד שהפרסקו על הכספת מתאר את סן בנדטו. מרמז מאוד הוא משחק האור שנוצר הודות לחלונות הצבעוניים המוצבים בחלק העליון. בנרתקס, שלושה מדליונים מאת ג'וזפה ססטה משחזרים שלוש פנורמות עירוניות.בתוך כנסיית סן ג'ובאני שמור אחד הציורים המשמעותיים ביותר של העיר: "המשיח מבורגוס", המכונה גם ישו בחצאית. ציור זה נתרם למנזר על ידי מייסדתו, דונה ג'ובאנה די סטפנו. לאחר מחקר מדוקדק, הודות לעזרתו של היסטוריון אמנות מאוניברסיטת בורגוס, ניתן היה לאשר את המחבר: הציור הוא של חואן דה פאלאזין, צייר שפעל בין סוף המאה השבע-עשרה לתחילת המאה השמונה-עשרה. באזור מדינה דל קאמפו.זהו ייצוג נדיר באיטליה, אך נפוץ מאוד במסורת הספרדית. למעשה, יש עותק של הציור השמור כיום בהרמיטאז' של "נוסטרה סניורה דל אמפארו" במדינה דל קאמפו, פסל השמור בקתדרלת בורגוס ובדי קנבסים אחרים הדומים לזה שיובא לסיציליה, שצוירו על ידי מחברים שונים ונוכח ברחבי ספרד.הכנסייה עדיין פתוחה לפולחן ומארחת את ה-Addolorata di San Giovanni, תהלוכה המזכירה מנהגים ומסורות ספרדיות, והיא גם ביתם של אנדרטת המלחמה. מקום קדוש זה משלב רוחניות, היסטוריה ומסורות, המהווה נקודת התייחסות חשובה לקהילה המקומית.
