המוזיאון נבנה בין השנים 1933 ל-1939 כדי לאכלס שתי ספינות ענק שהיו שייכות לקיסר קליגולה (37-41 לספירה) שהתאוששו ממימי האגם בין השנים 1929 ו-1931. לכן זה היה המוזיאון הראשון באיטליה שנבנה בתפקוד מהתוכן, שני קליפות בגודל מ' בהתאמה. 71.30 x 20 ומ'. 73 x 24, למרבה הצער נהרס במהלך שריפה ב-1944. נפתח מחדש ב-1953, המוזיאון נסגר שוב ב-1962 ולבסוף נפתח מחדש באופן סופי ב-1988.בפריסה החדשה, הכנף השמאלית מוקדשת לאניות, שחלק מהחומרים שלהן מוצגים, כגון שחזור הגג עם רעפי ברונזה, שני עוגנים, כיסוי גלגל החרטום, חלקם מקוריים או משוחזרים על הסיפון. ציוד (א, משאבת בוכנה, בלוק, פלטפורמת מיסבים כדוריים). כמו כן נראים שני דגמים של הספינות בקנה מידה 1:5 והשחזור בקנה מידה מלא של ירכתי האפוסטיצ'יו של הספינה הראשונה, שעליו הוצבו עותקי הברונזה של הקופסאות עם פרוטומים פראיים.האגף הימני מוקדש במקום זאת לאוכלוסיית השטח האלבני בעידן הרפובליקני והאימפריאלי, תוך התייחסות מיוחדת למקומות פולחן; בנוסף לחומרים מאוסף רוספולי מוצגים חומרי תרומות מ-Velletri (S. Clemente), מקמפוברדה (לטינה) מגנזאנו (הסטייפ של פנטנאצ'י) וממקדש דיאנה בנמי. בתוך אגף זה אפשר גם להתפעל מקטע מוזיאון של הריצוף הרומי של ה-clivus Virbii, שהוביל מאריקצ'ה אל מקדש דיאנה.
