מתחם המוזיאון, שנפתח בשנת 2001, שוכן בלינדנסטרסה של ברלין וכולל בניין בארוק ישן ותוספת חדשה שעוצב על ידי האדריכל הפולני-אמריקאי דניאל ליבסקינד. על פי אתר המוזיאון, libeskind של "בניית זיגזגים עם חזית טיטניום-אבץ וכולל צירים תת קרקעיים, קירות בזווית, ו "חללים" בטון חשוף ללא חום או מיזוג אוויר."המטרה הייתה לספר על ההיסטוריה הגרמנית-יהודית על כל מורכבותה, ולאפשר פרשנויות רבות ואפילו תחושה של "חוסר ביטחון או חוסר התמצאות"."ליבסקינד עצמו כינה את הפרויקט" בין השורות.”