המוזיאון של סן ג'ימיניאנו ממוקם במנזר העתיק של סנטה קיארה, שבעבר שימש כחממה לגברות צעירות ממשפחות טובות ובהמשך כבית ספר חטיבת ביניים. המתחם עבר עבודות שיקום בין שנות ה-80 ל-1990, והפך אותו למרכז תצוגה בעל עניין רב. בתוך המוזיאון ישנם מספר חלקים, ביניהם המוזיאון הארכיאולוגי, סנטה פינה ספציריה והגלריה לאמנות מודרנית ועכשווית "רפאלה דה גראדה".המוזיאון הארכיאולוגי של סן ג'ימיניאנו מכיל עדויות חשובות המספרות את ההיסטוריה הקדומה ביותר של סן ג'ימיניאנו, מהתקופה האטרוסקית הארכאית ועד המאה השמונה עשרה. התערוכה מחולקת לשני חלקים: האחד מוקדש לאמנות האטרוסקית והרומית, ובו ממצאים מישובים ונקרופוליסים באזור, המתוארכים למאה ה-7-1 לפני הספירה; החלק השני מוקדש לפעילויות יצרניות מלאכותיות, כגון זכוכית וקרמיקה, שהיו בעיר בימי הביניים.ה-Spezieria di Santa Fina נספח לבית החולים באותו שם, שנוסד באמצע המאה ה-13. בתערוכה מוצגים ריהוט ואביזרים ממוסדות הבריאות העתיקים של העיר. הפריסה משחזרת את הסביבה ואת הניחוחות המקוריים של בית המרקחת, מהעתיקים בטוסקנה. המוצרים היו כלולים בכלי קרמיקה וזכוכית באיכות גבוהה, מהמאה ה-15 עד המאה ה-18. מסלול התערוכה עוקב אחר ההיסטוריה של התרופות ושל הפעילויות הקשורות לעבודת הרוקח. כמו כן מוצגות מספר תרופות עתיקות, כמו שמן העקרבים והרכיבים המשמשים להכנת תרופות.הגלריה לאמנות מודרנית ועכשווית "רפאלה דה גראדה" נקראת על שמו של הצייר המילאנו הידוע Raffaele De Grada. האמן בחר בסן ג'ימיניאנו כבית הבחירה שלו לאחר שטייל ברחבי אירופה. הגלריה מציגה יצירות רבות של דה גראדה ושל אמנים אחרים מהמאה ה-19 וה-20. האוסף הקבוע כולל יצירות מהמאה ה-19 והמאה ה-20 בטוסקנה. ישנם גם שני חדרים מונוגרפיים המוקדשים לניקולו קאניצ'י ולרפאלה דה גראדה, כמו גם יצירות של ג'אנטו פיאצ'י. הגלריה מועשרת גם בציורים איטלקיים משנות ה-30 ועד שנות ה-80 מאוסף פאצ'יאני.הגלריה לאמנות מודרנית ועכשווית מייצגת את חלל התצוגה החשוב ביותר בסן ג'ימיניאנו, שבו מאורגנות תערוכות זמניות תכופות המוקדשות לאמנות ה-19, ה-20 והעכשווית.
