מקור שמה של העיר נמשך על ידי אחדים למילה האטרוסקית "דורבן", שפירושה עיר. אבל הרוב מייחסים אותו ל"ספאו ליטוס" היוונית, אבן מפוצלת. למעשה, ה-Colle S. Elia נראה בדיוק כמו חלק מפוצל של מונטלוקו.יש עקבות שמראים שספולטו היה מיושב מאז התקופה הפרהיסטורית, לפחות מהמאה ה-7 לפני הספירה, על ידי העם האומברי. כמו כן נמצאו קברים מתקופת הברזל.החומות הציקלופיות, המתוארכות למאה ה-V-IV לפני הספירה, מרמזות על עיר מבוצרת, שהוקמה במיקום אסטרטגי במקום שבו מסתיים עמק אומבריה."ספולטיום" הפכה למושבה רומית בשנת 241 לפני הספירה, ונשארה נאמן לרומא לאורך זמן. במהלך המלחמות הפוניות, הוא הגן על הבירה על ידי דחיית חניבעל לאחר ניצחונו באגם טראסימנו (217 לפנה"ס).לאחר נפילת האימפריה הרומית המערבית (476 לספירה) החלה ספולטיום את תקופת הפאר הגדולה ביותר בתולדותיה, שנמשכה 600 שנה.בתחילת המאה ה-15 שוחזרה העיר וביצות העמק שלמרגלותיה הוחזרו.בשנת 545 היא נכבשה על ידי טוטילה, מלך האוסטרוגותים, אך תשע שנים לאחר מכן נכבשה ושוחזרה על ידי נרסטה שגם סיפק לשחזור חלק מהחומות.בשנת 571, עם הדוכס הראשון, פארואלדו, הפכה ספולטו לבירת דוכסות ספולטו הלומברדית, שהיווה את לנגוברדיה הקטנה יחד עם דוכסות בנוונטו. כל מפה של ימי הביניים הגבוהים והנמוכים נושאת את שמו של ספולטו, אם כי גבולות הדוכסות, באותה תקופה ארוכה, השתנו, הורחבו ונסוגו.כאשר נפלו הלונגוברדים (774), עברה הדוכסות לידי הפרנקים. כשהאימפריה הקרולינגית בותרה, הפכו הדוכסים מספולטו, גידו השלישי ובנו למברט, למלכי איטליה ולקיסרים הרומית הקדושה.בשנת 1155 ספולטו, "עיר מאה המגדלים" הותקפה על ידי פדריקו ברברוסה, אשר ויתר על הביזה במחיר כופר. בני הזוג ספולטיני שילמו על כך כשנסעו כמשלחת לפיאצה ד'ארמי הנוכחית, מקום מחנה האויב. אבל, לפי האגדה, המטבע היה שקרי, כך שברברוסה תקף והרס את העיר. מאוחר יותר הגיעו המשלחות להסכמה וברברוסה, כאות שלום, העניקה לעיר את סמל המדונה, שעדיין נשמר בקתדרלה.ספולטו הייתה זירת המאבקים בין הגואלפים לגיבלינים, לא שונה מערים חשובות רבות אחרות בימי הביניים המאוחרים. האפיפיור אינוקנטיוס השלישי, בשנת 1198, הכריז שהיא מסופחת למדינת הכנסייה, כך שהשנה הזו מקובלת היא ההנחה שהיא של סוף הדוכסות.כאשר השבי אביניונז (1309 / 1377) שיבש את המדינה, הקרדינל אגידו אלבורנוז נשלח לאיטליה על ידי האפיפיור אינוקנטיוס השישי, שהבין את החשיבות האסטרטגית של האתר. אז מפורלי, שם היה אמור להילחם ב-Ordelaffi, בשנת 1362 הוא הורה במכתב לבנות את הטירה המרשימה ביותר בסדרת מבצרי אלבורנוז.האדריכל Matteo di Giovannello da Gubbio, הידוע בשם Gattapone, השלים אותו תוך 5 שנים בלבד.בתקופת הרנסנס ספולטו החליפו תקופות של מרץ בתקופות של דעיכה. עם זאת, הייתי מושב חשוב של מדינות האפיפיור: שני אפיפיורים, אורבן השמיני ופיוס התשיעי, היו ארכיבישופים של ספולטו.במהלך הכיבוש הצרפתי, ספולטו הייתה בירת מחלקת קליטונו ולאחר מכן של מחלקת טראסימנומהרסטורציה (1814) זה היה מקום מושבה של משלחת אפיפיורית.ב-17 בספטמבר 1860, שלושה ימים לפני פריצת פורטה פיה, נכנס הגנרל הפיימונטי פיליפו בריניונה לספולטו, וכבש את העיר מממלכת איטליה המתהווה.המדינה האיטלקית החדשה, לעומת זאת, העניקה את פריבילגיה לפרוג'ה כבירת המחוז שבו שילב גם את אזור ספולטו.
