לפסיפס הרצפה של הקתדרלה מימדים ניכרים, המשתרעים לכל אורכו של הספינה הראשית, ומורכב מכ-600,000 טסרות פוליכרום של הרכב אבן גיר מקומי. הוא מתאר את עץ החיים והוזמן על ידי הבישוף ג'יונאטה כבר בשנת 1163 ונוצר על ידי הנזיר פנטלאונה מהמנזר של ס. ניקולא די קזאלה באוטרנטו, שסיים את יצירת המופת ב-1165.ייחוד ראשון של הפסיפס הוא דווקא העובדה ששם מחברו חרוט עליו, בהתכתבות עם הכניסה הראשית, לפחות חריג לתקופה וכנראה בשל הזכות לרצות לתת קרדיט לאמן בתור תודה על התוצאה הנהדרת של העבודה.כאמור, המשמעות שרוב המומחים נותנים לייצוג היא זו של עץ החיים, אך ישנן תיאוריות שנויות במחלוקת ומעולם לא הושגה מסקנה המסוגלת לספק את כל אסכולות המחשבה, מה שהופך אותו תמיד למסתורין של מסתורין סביב עֲבוֹדָה.אולם מה שברור הוא שסביב העץ, המשתרע מהכניסה לכנסייה, מתפתחים שפע של סצנות הכלולים בברית הישנה, סמל למסע המפותל שעשה האדם ליישב בין חטאים ולהשיג ישועה נצחית: הסיפור של אדם וחוה, אלה של קין, הבל, התפיסה של גיהנום וגן עדן. עם זאת, יש גם התייחסויות מיתולוגיות והיסטוריות כמו אלה למלך ארתור ואלכסנדר מוקדון. גם הייצוג של שנים-עשר חודשי השנה שאליהם מוקדש חלק עגול הוא מאוד סוגסטי, כמו גם הייצוג של העמלים העונתיים היחסיים.העושר והמגוון של האלמנטים והסמלים הנוכחים הם עדות נוספת לעד כמה אוטרנטו תמיד ייצג נקודת מפגש בין תרבויות, בין עמים, בין זרמים אמנותיים ותרבותיים שונים. המיקום הגיאוגרפי ממנו נהנית העיר הקל על המפגש והחילופין בין המערב למזרח, ולעתים קרובות חשף את המקום להתקפות ופלישות אשר יותר מהעדיפו, כפו את התרבות שלהם. לאחר אלפי שנים של היסטוריה, מה שנותר הוא סדרה של אוצרות, עקבות, סימני מעבר של עמים שונים, שהעשירו את אוצרות אוטרנטו גם ומעל הכל מבחינה אמנותית.
