המוזיאון נחנך בשנת 2001 על ידי הקרדינל קרלו מריה מרטיני, לו הוא נקרא אז בשנת 2017, והוא נקודת הגעתו של פרויקט חשוב, אשר עבורו חלק מן הדמויות הגדולות ביותר של הארכיבישופים המילאנזים של המאה ה-20 נתנו את תרומתם המכרעת. מקורותיה נובעים מן האינטואיציה הראשונה של אילדפונסו שוסטר בשנת 1931, ולאחר מכן נלקח על ידי הקרדינל מונטיני בשנת 1960, המעיד על מקום מושבו של המוזיאון החדש, הקלויסטרס של סנטאוסטרוז ' יו, אחד מהמקומות ההיסטוריים בהיסטוריה של הנצרות האמברוזית. לבסוף, הקרדינל מרטיני, בשנות השמונים, הופקד בידיו המשימה הקשה להתחיל את עבודת השיקום של המנזר, ניזוק קשות על ידי הפצצת מלחמת העולם השנייה, שהופקד בידי אולפני בלג ' וז ' ו.המנזר הדומיניקני הראשון במילאנו היה ממוקם כאן, החל מהמאה ה-13, ושני הקלויסטרים, שם ממוקם מוזיאון הבזיליקה של סנט 'אוסטורג' יו ומוזיאון הדיוקסן, הוא מה שנותר מהמנזר העתיק.
האוסף הקבוע של מוזיאון הדיוקסן (Diocesan Museum) הוא אוסף של יותר מאלף יצירות בין המאות ה-2 ל-XXI. ממשרדו של הארכיבישוף הגיעו האוספים של הארכיבישופים המילאנזים (חלק מהמונטי, ויסקונטי, ריקרדי, אוסף פוזובונלי והאוסף השלם של ארבה אודסקאלצ ' י).
בנוסף לציורים מכנסיות הדיוקסיה, המוזיאון שומר על קבוצה משמעותית של עבודות של ריהוט ליטורגי. האוסף הושלם על ידי הסעיף המוקדש לקרנות הזהב (עבודות של המאה ה-14 וה-15, בעיקר טוסקני, שנאסף על ידי פרופ ' אלברטו קרספי ונתרם למוזיאון), כמו גם לפסלים וציורים מאוסף של קאטרינה מרסנארו, ציורים מאוסף סוזאני היקר ומורשת שוברט.
לבסוף, לגרעין ראשון של יצירות פיסול מאת לוסיו פונטנה, נוספו יצירות רבות של המאה ה-XX ו-XXI, הצהרה על התעניינות הולכת וגוברת של המוזיאון לבני זמנם.
