تم افتتاح المتحف في عام 2001 من قبل الكاردينال كارلو ماريا مارتيني ، الذي تم تسميته في عام 2017 ، وهو نقطة وصول مشروع مهم قدم له بعض أعظم شخصيات أساقفة ميلانو في القرن العشرين مساهمتهم الحاسمة. تعود أصولها إلى الحدس الأول للمباركة Ildefonso Schuster في عام 1931 ، ثم تناولها الكاردينال مونتيني في عام 1960 الذي يشير إلى مقر المتحف الجديد أديرة Sant'eustorgio ، واحدة من الأماكن المحورية لتاريخ المسيحية الأمبروزية. أخيرا ، تم تكليف الكاردينال مارتيني ، في الثمانينيات ، بالمهمة الصعبة المتمثلة في بدء أعمال إعادة بناء الأديرة ، التي تضررت بشدة من قصف الحرب العالمية الثانية ، الموكلة إلى استوديو Belgiojoso.يقع أول دير الدومينيكان في ميلانو هنا ، بدءا من القرن الثالث عشر ، والأديرة ، حيث يقع متحف كنيسة سانت يوستورجيو ومتحف الأبرشية ، هي ما تبقى من هذا الدير القديم.
تتكون المجموعة الدائمة لمتحف الأبرشية ، الذي يحتل الدير الثاني ، من أكثر من ألف عمل بين القرنين الثاني والحادي والعشرين. من مكتب رئيس الأساقفة جاءت مجموعات من أساقفة ميلانو(جزء من مجموعة مونتي ، فيسكونتي ، ريكاردي ، بوزوبونيلي ، ومجموعة Era Odescalchi الكاملة).
بالإضافة إلى لوحات من كنائس الأبرشية ، يحتفظ المتحف بمجموعة كبيرة من أعمال الأثاث الليتورجي. تم الانتهاء من المجموعة من خلال القسم المخصص للصناديق الذهبية (أعمال القرن الرابع عشر والخامس عشر ، معظمها توسكان ، التي جمعها البروفيسور ألبرتو كريسبي وتبرع بها للمتحف) ، بالإضافة إلى المنحوتات واللوحات من مجموعة كاترينا مارسينارو ، والرسومات من مجموعة سوزاني وإرث شوبرت الثمين.
أخيرا ، إلى النواة الأولى للأعمال النحتية التي قام بها لوسيو فونتانا ، تمت إضافة العديد من الأعمال في القرنين العشرين والحادي والعشرين ، وهو إعلان عن اهتمام متزايد بالمتحف بالمعاصرة.
