اقامت در پایتخت مالت بدون بازدید از کلیسای جامع سنت جان مالت کامل نمی شود. این پروژه در سال 1572 توسط استاد اعظم ژان د لا کاسیر برای خدمت به عنوان کلیسا برای نشان شوالیه های سنت جان سفارش داده شد و توسط معمار مالتی جرولامو کاسار طراحی شد. این کار در سال 1577 تکمیل شد و به سنت جان باپتیست، یکی از دو قدیس حامی نظم تقدیم شد. کلیسای جامع سنت جان در والتا اهمیت مسیحیت را برای کشور مالت به نمایش می گذارد. از بیرون، این کلیسای جامع قرن شانزدهمی ممکن است زیاد به نظر نرسد، اما نگاهی به داخل آن بیندازید و شگفتزدهای واقعی خواهید داشت. کلیسای جامع در قرن هفدهم بازسازی شد و دارای دکوراسیون مجلل باروک است. جدا از هنر و آثار غنی باروک، کلیسای جامع کو همچنین دارای نقاشیهای دیواری چشمگیر باروک، کفهای مرمری پرآذین، مجسمههای سهبعدی، دیوارهای سنگی حکاکیشده و سقفهای طاقدار نفسگیر است که توسط هنرمند معروف باروک ایتالیا، ماتیا پرتی تزئین شدهاند. کلیسای مشترک همچنین خانه یکی از شناخته شده ترین آثار بین المللی میکل آنژ مریسی دا کاراواجو است که با نام ‘سر بریدن سنت جان باپتیست شناخته می شود. (1608). این نقاشی که در داخل Oratory قرار دارد، بزرگترین اثر هنری کاراواجو است و تنها اثری است که امضای او را یدک میکشد. هر روز از سال، بازدیدکنندگان راهی کلیسای جامع می شوند تا نگاهی اجمالی به آثار هنری معروف داشته باشند و بسیاری از آنها هر بار که در جزیره هستند به کلیسای جامع بازمی گردند. خود کلیسای جامع از 9 کلیسای کوچک با شیوایی تزئین شده در دو طرف تشکیل شده است. هشت مورد برای هر یک از زبانهای شوالیههای سنت جان ساخته شد، و نهم به قدیس حامی آنها، بانوی ما فیلرموس، قدیس حامی دیگر نظم اختصاص دارد. آخرین کلیسای کوچک همچنین خانه نماد باستانی بانوی فیلرموس است که شوالیه ها آن را یک شی مقدس می دانستند. کلیسای جامع سنت جان مالت همچنین یک دخمه مرموز حاوی مقبرههای استادان اعظم گذشته شوالیههای سنت جان دارد.
